Revista Cubana de Informática Médica

Medical Informatic in Cuban Superior Education

The medical education theme in the journals of the virtual library of health

Se realizó una investigación de tipo descriptivo transversal, con el objetivo de describir el estado del arte en relación al tema de educación médica en las Revistas Médicas Cubanas certificadas por el CITMA, publicadas en el Portal de la Biblioteca Virtual de Salud. Se aplicaron métodos de nivel teórico y los empíricos estuvieron conformados por una revisión documental de las Revistas Médicas Cubanas certificadas por el CITMA, disponibles en el portal de la BVS. Se observa que las revistas auspiciadas por instituciones publican más trabajos de educación médica que aquellas que pertenecen a Sociedades Científicas. Se constató que en general es muy reducido el número de publicaciones en el tema de Educación Médica Superior, con excepción de la Revista de Educación Médica Superior, que es exclusiva para estos temas y cuenta en este momento con un portal académico. Se señaló la necesidad de ampliar el espacio para publicar artículos que aborden temáticas de este tipo.

An investigation of cross descriptive type was carried out, with the objective to describe the state of the art of the Cubans Medical Magazines certificated by the CITMA, published in the Virtual Library of Health (BVS), relating to the theme of medical education. A documentary review of the Cubans Medical Magazines certificated by the CITMA, available in the entry of the BVS, was carried out. It is observed that the magazines promoted by institutions publish more works of medical education than those that belong to Scientific Societies. It was verified that in general is very reduced the number of publications in the theme of Superior Medical Education, with exception of the Magazine of Superior Medical Education, that is exclusive for these themes. It was indicated the need to expand the space to publish articles that undertake subject matter of this type.

Paving the way for open education

La Educación Abierta (EA), es una modalidad educativa que pretende lograr el aprendizaje en forma independiente, en cualquier lugar, momento y diferentes ritmos y condiciones de comunicación e interacción. En el Ministerio de Salud Pública de Cuba, se han dado pasos para fomentar la EA a través de la Universidad Virtual de Salud como institución académica virtual, a través de la producción y publicación por parte de los docentes de recursos educativos abiertos y objetos de aprendizaje en los repositorios destinados para este fin, y a través del sitio de cursos abiertos. Existen muchas razones por las cuales, a pesar de los intentos realizados, no se evidencian resultados en esta vertiente de la educación. En el presente trabajo se exponen algunas de las razones que han frenado el desarrollo de la EA en Cuba y se da a conocer una propuesta para preparar el camino para una EA, donde el enfoque está desde las cátedras de Universidad Virtual de Salud de cada territorio.

Open Education (OE) is a type of education that aims to achieve learning independently, anywhere, anytime, in different rates and conditions of communication and interaction. In the Ministry of Public Health of Cuba, steps have been taken to promote OE through the Virtual University of Health, through the production and publication by teachers of open educational resources and learning objects in repositories intended for this purpose, and through the open course site. There are many reasons why, despite attempts, no evidence results in this slope of education. This paper describes some of the reasons that have slowed the development of OE in Cuba and disclosed a proposal to prepare the way for an OE, where the focus is from the chairs of Virtual University of Health of each territory.

Web Tool for classfication of polymorphic microsatellites in bacteria genomes

Las secuencias repetidas en tándem, específicamente los mini y micro satélites, han demostrado ser muy eficaces en la clasificación de bacterias patogénicas como B. anthracis, M. tuberculosis y P. aeruginosa, entre otras. En humanos es manifiesta su participación estando relacionados con más de ochenta enfermedades, gran parte de ellas de tipo neurodegenerativas, musculares y algunos tipos de cáncer. La herramienta web que presentamos es el resultado de la detección computacional de estas secuencias en genomas bacterianos completos y su correspondiente anotación en la estructura genómica de acuerdo a las diferentes regiones donde estos se localizan. La herramienta tiene como fin primario brindar un sistema relacional que permita al investigador ubicar los microsatélites de diferentes especies bacterianas, con más de un genoma secuenciado para inferir su posible carácter polimórfico, dentro del contexto de la estructura genómica y así proveer un primer acercamiento al rol putativo que los microsatélites desempeñan desde el punto de vista funcional. La herramienta se puede aplicar no solo en estudios taxonómicos y epidemiológicos sino en la detección de posibles relaciones de estas secuencias con las funciones moleculares, procesos biológicos y, en última instancia, las diversas formas de evolución de estas especies. El sitio web brinda el servicio de consultas a la base de datos de microsatélites bacterianos de acuerdo al sistema de tablas relacionales y atributos propios de las mismas. Cuenta además con los servicios típicos de un sitio con estas características como: sistema de autenticación, foro, encuestas, enlaces y documentación sobre la metodología empleada y del tema en cuestión.

The tandem repeat sequences, especially mini and microsatellites, have proven to be very effective in classification of pathogenic bacteria such as B. anthracis, M. tuberculosis and P. aeruginosa, among others. In human beings it is manifest its participation, being related with over eighty diseases, nearly all neurodegenerative and muscular, and some kinds of cancer. The web tool we are offering here is the result of computational detection of these sequences in whole bacteria genomes, and its respective annotation in the genomic structure according to the different regions where they are localized. The primary goal of this tool is to offer a relational system that allows mapping the microsatellites of bacterial species, all of them with more than one genome sequenced to infer their possible polymorphic character, in the context of genomic structure and thus providing a first approach to the putative role they perform from the functional point of view. The tool can be applied not only in taxonomical and epidemiological studies but in the detection of possible relationships of these sequences with the molecular functions, the biological processes and, as a last resort, the different forms of these species evolution. The web site offers the service of queries to the bacterial microsatellites database according to the related tables and its inherent attributes. It also has the typical services of this kind of site like: logging system, forum, polls, links and documentation about the employed methodology and the topic.

Catalog for generating diagrams of components for the Health Information System in Cuba

El Ministerio de Salud Pública (MINSAP) ha definido la informatización del sector como tarea fundamental, con el objetivo de proveer al Sistema Nacional de Salud de información confiable, consistente y oportuna para la toma de decisiones, a través del uso óptimo de las tecnologías y de la integración a la infraestructura global de la información. En este marco, la Dirección Nacional de Informática del MINSAP define que el Grupo de Integración de Soluciones (GIS) perteneciente a la empresa SOFTEL, brinde soporte tecnológico para garantizar la integración de las aplicaciones que conforman una solución informática para la salud. Como herramienta de soporte se implementa el Catálogo para la generación de diagramas de componentes del Sistema de Información para la Salud (SISalud). En el proceso de desarrollo de las aplicaciones informáticas para la salud, el catálogo facilita la integración, al generar las relaciones de dependencia entre los componentes de SISalud, a partir de la representación de las vistas o diagramas de implementación de la arquitectura de los componentes desarrollados. Se hace uso del lenguaje Unificado de Modelado (UML) y de PHP y JavaScript. El sistema permite disminuir los tiempos de respuestas de los equipos de desarrollo, obtener información relacionada con la arquitectura y contar con un espacio para generar y transferir el conocimiento para la continuidad del trabajo.

The Ministry of Public Health (MINSAP) has defined the computerization of the sector as a fundamental task. The objective is to provide the National System of Health with reliable, consistent and opportune information for the decision making, through the good use of technologies and the integration with the global infrastructure of the information. In order to this, the National Headquarter of Computer Science of MINSAP defines that the Group of Integration of Solutions (GIS), which belongs to the company SOFTEL, has to offer technological support to guarantee the integration of the applications that bring computer solutions for the health. As a support tool, the Catalog is implemented for the generation of diagrams of components of the System of Information for the Health (SISalud). In the process of development of the computer applications for the health, the catalogue facilitates the integration process, when generating the dependence relationships among the components of SISalud, starting from the representation of the views or diagrams of implementation of the architecture of the developed components. The Unified Modeling Language (UML), PHP and JavaScript are used. The system allows minimizing the times of answers for the development teams to obtain information related with the architecture and to have a space to generate and to transfer the knowledge for the continuity of the work.

OPHTATLAS. Ophtalmological cuban atlas

El desarrollo de la tecnología de la computación ha permitido la introducción, en la práctica docente, de nuevos medios de enseñanza que han revolucionado la docencia médica. La utilización del software educativo como medio que facilite el proceso de enseñanza aprendizaje en las diferentes carreras de las Ciencias Médicas es hoy una realidad en nuestras universidades. Este trabajo consiste en un software educativo como material complementario para la enseñanza de la oftalmología en Cuba, tanto para pregrado como para postgrado e incluye materiales audiovisuales para el aprendizaje no solo de la oftalmología clínica sino también quirúrgica. Se utilizó la herramienta de Crheasoft para la realización del producto final, con una combinación de elementos visuales y auditivos. Teniendo en cuenta el antiguo proverbio "más vale ver una vez que oír cien veces", se confeccionó este atlas interactivo que tiene como finalidad proporcionar un material educativo didáctico de consulta y de apoyo a la docencia, útil para el desarrollo de una metodología de enseñanza más adaptable a las características individuales de cada usuario. El software cuenta con una interfaz que permite la fácil navegación, posibilitando la interacción y el intercambio de información entre el usuario y la aplicación.

Computer technology developments have allowed the introduction of new methods for teaching in the Cuban medicine schools. Educative software used as an instrument to make the knowledge process easier among medical specialities is nowadays a fact in our university. This project consists in an educative software complementary to the teaching of ophthalmology for both medicine students and ophthalmology resident, which includes audio-visual materials, for clinical and surgical ophthalmology. Crheasoft tool is used for the final product achieving a combination of audio and visual elements. Taking into account the ancient proverb: "It's more important to see once than to hear a hundred times", this interactive atlas provides a support and consultation educative material that could be useful for a more individual teaching. The software has a friendly interface that permits an easier navigation allowing information interchange and interaction between the users and the application.

Improving informatics efficiency by custom structured arquitecture of portable tools

Es de todos conocido el problema de las restricciones para el desarrollo de trabajo y otras operaciones imprescindibles, cuando se cambia de escenario informático. Se enfrentan conflictos frente a las diferentes configuraciones de las computadoras que se encuentren disponibles, falta de privacidad, falta de privilegios para operar los equipos, limitación de instalaciones, problemas con desinstalaciones fallidas o incompletas, ausencia del software necesario o acostumbrado y, en consecuencia, una gran pérdida de tiempo. El uso masivo de memorias y discos externos por puerto USB facilitan y extienden la frecuencia de ocurrencia de los fenómenos anteriormente mencionados. El objetivo del presente trabajo consiste en presentar una respuesta adecuada a este problema. Para ello se recurrió a la búsqueda y análisis de información y software; programación de scripts; configuración de arquitectura, selección y evaluación de herramientas. Se logró determinar un conjunto general de más de 700 herramientas portables clasificadas en 20 categorías. Se precisaron reglas y requisitos para el correcto enfoque y funcionamiento de conjuntos portables.

We all frequently face problems of restrictions with developing work and other necessary operations when changing the computing scenario. Conflict with different computers configurations arise as well as lack of privacy, lack of privileges to operate the equipment, limitation of facilities, problems with failed or incomplete uninstalls, absence of required software and as a result, a predictable waste of time. The massive use of external USB drives facilitates and extends the frequency of occurrence of the above phenomena. This paper presents an adequate response to this problem. This was done through the search and analysis of information and software, scripts programming, configuration of architecture, selection and assessment of tools. It was possible to determine a general set of more than 700 portable tools, classify them in 20 categories. Rules and requirements were established for the proper focus and functioning of portables.

Software development model for the Medical Informatics Center (CESIM)

El Centro Especializado de Informática Médica se especializa en el desarrollo de productos software para la salud. Entre sus principales objetivos se encuentra la implementación de sistemas de apoyo a los servicios clínicos y administrativos. El presente trabajo tiene como objetivo explicar el modelo de desarrollo de software para la salud en el Centro de Soluciones de Informática Médica. Donde se expone el modelo de integración entre las distintas áreas de conocimiento para la composición de los procesos de desarrollo de software, con el objetivo de lograr la interoperabilidad entre los sistemas. Se describe el proceso de desarrollo de software donde los principales actores que intervienen son estudiantes y profesores de la universidad. Además se expone el procedimiento a seguir en una vista gráfica del proceso apoyado por una descripción textual de las actividades que lo conforman.

The Specialized Center of Medical Informatics Solutions specializes in the development of health software products. The implementation of systems to support clinical and administrative services can be found among its main goals. This paper focuses on the health software development model in our center, which shows the integration among the different knowledge areas and aims the health systems' interoperability. The research describes the software development process, where some students and professors from the University of Information Sciences become the main actors. On the other hand, the procedure is discussed through a graphic view of the process, supported by a textual description of its activities, required roles in a project, responsibilities and skills in order to reach optimum performance.

A system for planning orthopedic surgery in limbs

Los distintos procedimientos quirúrgicos en ortopedia presentan un elevado nivel de complejidad y requieren de una adecuada planificación que incremente las probabilidades de éxito de los mismos. Desde una perspectiva general, la planificación preoperatoria en extremidades, en los hospitales cubanos, se realiza de forma tradicional, por lo que está propensa a errores humanos y de magnificación, entre otros y necesita una considerable inversión de tiempo así como de material adicional. El problema científico de esta investigación consiste en cómo incorporar la asistencia por computadora al proceso de planificación quirúrgica ortopédica para las extremidades en los hospitales ortopédicos cubanos. Se utilizó como metodología de desarrollo el Proceso Unificado del Rational y como lenguaje de modelado el Lenguaje Unificado de Modelado (UML por sus siglas en inglés) en su versión 2.1. En la creación de diagramas fue usada la herramienta Enterprise Architect en su versión 7.5 y en la realización de la aplicación se utilizó Microsoft Visual Studio 2010.En este artículo se especifican las principales funcionalidades del módulo de extremidades que se implementó e integró al sistema de Planificación Quirúrgica Ortopédica (PQO). La aplicación permitirá a los especialistas realizar la planificación preoperatoria de una cirugía ortopédica empleando una menor cantidad de recursos y en menos tiempo.

Different orthopaedic surgical procedures have a high level of complexity and require proper planning to increase the chances of their success. From a general perspective, preoperative planning in Cuban hospitals is carried out in a traditional way, so it is prone to human error and magnification, and requires a considerable investment of time and additional material. The scientific problem of this research is how to incorporate the computer-assistance to the planning process of orthopaedic limb surgeries in the hospitals of Cuba. Rational Unified Process was used as the development methodology and as modeling language the Unified Modeling Language (UML for its acronym in English) version 2.1. Enterprise Architect tool in its version 7.5 was used in the creation of diagrams and in the implementation of the application was used Microsoft Visual Studio 2010.This article specifies the main functionalities of the limbs module, was implemented and integrated to Orthopaedic Surgical Planning System (PQO in Spanish). The application will allow specialists to perform preoperative planning of orthopedic surgery using fewer resources and less time.

Segmentation of Magnetic Resonance images of the brain based on Generalized Regression Neural Networks

El análisis de los cambios estructurales del cerebro a través de imágenes de Resonancia Magnética puede proveer información útil para el diagnóstico y el manejo clínico de los pacientes con demencia. Si bien el grado de sofisticación alcanzado por el equipamiento de Resonancia Magnética es alto, la cuantificación de estructuras y tejidos aún no ha sido completamente solucionada. Las segmentaciones que estos equipos permiten en la actualidad fracasan en aquellas estructuras donde los bordes no están claramente definidos. En este trabajo se presenta un método de segmentación automática de imágenes de Resonancia Magnética cerebrales basada en la utilización de Redes Neuronales de Regresión Generalizada utilizando algoritmos genéticos para el ajuste de los parámetros. La red se entrena a partir de una sola imagen y clasifica al resto de ellas siempre que las imágenes de Resonancia Magnética hayan sido adquiridas con el mismo protocolo. Un método de medición de la atrofia progresiva y sus posibles cambios frente a un efecto terapéutico debe ser fundamentalmente automático y por lo tanto independiente del radiólogo.

The analysis of structural changes in the brain through Magnetic Resonance Images may provide useful information for the diagnosis and clinical management of patients with dementia. While the degree of sophistication achieved by the MRI equipment is high, the quantification of structures and tissues has not been completely solved. The segmentations that these equipment provide nowadays, fail on those structures where the edges are not clearly defined. This paper presents a method for automatic segmentation of magnetic resonance images of the brain, based on the use of generalized regression neural networks using genetic algorithms for adjusting parameters. The network is trained from a single image and classifies rest of them whenever magnetic resonance images were acquired with the same protocol. A method of measuring the progressive atrophy and possible changes compared to a therapeutic effect should be essentially automatic and therefore independent of the radiologist.

Evaluation of the use of databases available for students and faculty of the transfusion medicine profile

Con el objetivo de evaluar las habilidades en el uso y manejo de las bases de datos disponibles en la Red del Sistema Nacional de Salud y establecer estrategias a partir de los resultados alcanzados, se aplicó una encuesta de competencias informacionales a 7 profesores y 11 estudiantes de la carrera Licenciatura en Tecnología de la Salud, en el perfil Medicina Transfusional, en la Facultad de Ciencias Médicas "Enrique Cabrera". La encuesta identificó el estado del conocimiento sobre búsquedas bibliográficas, la utilización de las fuentes de información y el acceso a las tecnologías de la información. Se tuvieron en cuenta los aspectos éticos, y se protegió en todo momento la identidad de los entrevistados. Los resultados de la experiencia demuestran que la mayoría de los profesores conocen y usan las bases de datos PUBMED e HINARI, de ellos 16,7 % requiere del apoyo de un especialista; los alumnos tienen un total desconocimiento de las bases de datos cuya consulta facilita Infomed. Los docentes y los alumnos desconocen la existencia de la base de datos DYNAMED, mientras que el buscador más conocido y visitado por estos es Google. Se concluye que existe una deficiente competencia informacional. A partir de los resultados alcanzados se recomienda desarrollar habilidades mediante talleres y otras actividades curriculares de alfabetización informacional.

The paper aims to explore the students' and faculty's abilities in the use of data bases available in the Health System Network. An informational competence survey to 7 teachers and 11 students of the Health Technologies program (Transfusional Medicine branch) was applied in "Enrique Cabrera" Faculty of Medicine. The survey identified the knowledge about bibliography search and usage of information sources. Ethics procedures, such as anonymity, were followed. The results show that most of the professors know and use the data bases PUBMED e HINARI. 16.7 % of them require the help of a specialist. On the other hand, students showed total ignorance of the data bases available in Infomed. Teachers and students do not use nor know DYNAMED database; meanwhile the more visited search engine is Google. We can conclude that there is a deficient informational competence so we recommend developing information related abilities through workshops and other curricula activities.