Abstract

PEREZ, L.J  and  DIAZ DE ARCE, Heidy. OPTIMIZACIÓN DE LAS FUNCIONES DE PUNTUACIÓN DE DOCKING PARA EL DISEÑO DE FÁRMACOS ANTIVIRALES CONTRA EL GÉNERO CORONAVIRUS. Rev Salud Anim. [online]. 2008, vol.30, n.3, pp.160-165. ISSN 0253-570X.

El desarrollo de fármacos antivirales de amplio espectro que se puedan utilizar contra diferentes patógenos emergentes del género coronavirus como primera línea de defensa es hoy una perspectiva atractiva. La proteasa principal de los coronavirus 3CL^PRO es la diana de mayor atractivo para el diseño de inhibidores anticoronavirus. Los algoritmos de screening y docking son actualmente muy utilizados en los procesos de diseño racional de fármacos. El objetivo de este trabajo es, basados en un estudio de validación de las funciones de score, encontrar una función consenso o seleccionar la función de score que mejor prediga la orientación del ligando en el bolsillo catalítico de la 3CLpro, con el fin de mejorar las búsqueda por screening virtual en las bases de datos de ligandos, compuestos que puedan servir de líderes como candidatos a usarse como fármacos inhibidores anticoronavirus, con un menor costo computacional. Con este propósito se utilizaron las funciones de score implentadas en el paquete de programas del DOCK4.0 y la estructura cristalizada de la 3CLpro 2ALV, esta última se seleccionó por estar cristalizada con un ligando de naturaleza no peptídica. Se diseñó el bolsillo catalítico de la proteasa principal de coronavirus que incluyó los residuos que conforman la díada catalítica Cys145 His41. La función con la cual se obtuvieron los mejores valores de RSMD más cercanos a 4.0A^o, fue la función de contacto, siguiendo un algoritmo de orientación de ligando rígido, esta función se seleccionó como la mejor herramienta en la puntuación de búsquedas basadas en screening virtual de candidatos potenciales como inhibidores del importante grupo de patógenos del género coronavirus.

Keywords : algoritmos de docking; funciones de puntuación; docking rígido; docking flexible; proteasa principal; coronavirus.