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Revista Cubana de Informática Médica

On-line version ISSN 1684-1859

Abstract

MARTINEZ ORTIZ, Carlos M.  and  RIVERO BANDINEZ, Alejandro. Metodología para el minado in silico de loci polimórficos en microsatélites. RCIM [online]. 2019, vol.11, n.1, pp.2-17.  Epub June 01, 2019. ISSN 1684-1859.

Los polimorfismos con número variable de repeticiones en tándem (VNTR), constituyen marcadores genéticos utilizados en áreas de la genómica como estudios evolutivos, epidemiológicos y de genética poblacional. Los bancos de secuencias genómicas y las herramientas computacionales como BLAST permiten el minado de estos marcadores sin utilizar métodos experimentales, extendiéndolo a organismos no modelos de importancia médica o económica. Debido a la baja complejidad de estas secuencias y el número de candidatos que se presentan al inspeccionar un genoma cuando el procedimiento es escalado, surgen dificultades para procesar el volumen de datos generado y detectar por inspección visual los polimorfismos en los marcadores candidatos.

Se presentan una metodología y varios software que permiten la identificación y extracción rápida y fiable de loci polimórficos de SSRs. El procesamiento se hace por la concatenación de los programas MIDAS, BLAST, y el script PSSR-Extractor. Las entradas son rutas de directorios donde se encuentren múltiples archivos de secuencia en formato FASTA o GBFF y las salidas son los SSRs, códigos de acceso al GenBank, posiciones en el genoma, número de repeticiones y el grado de polimorfismo expresado como rango de variación, frecuencia alélica, cantidad de alelos y contenido de información polimórfica (PIC). Un script opcional, SSRMerge, permite la identificación de loci únicos (no redundantes) a nivel de especie, de género o en general del conjunto las secuencias que se desee procesar.

Se procesaron 23 genomas completos (RefSeq del NCBI) pertenecientes a diversos aislamientos de Mycobacterium tuberculosis. Se detectaron 4433 SSRs extrayéndose 414 loci no redundantes dentro de la especie. Realizado el minado de polimorfismos en las salidas del servidor BLAST para estos SSRs se reportan medidas que reflejan las variaciones que presentan estos loci.

Keywords : SSR; VNTR; marcador molecular; minería de datos; algoritmo.

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