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<abstract abstract-type="short" xml:lang="en"><p><![CDATA[INTRODUCTION: in April 2009, there was identified a variant of the A/H1N1 influenza virus of swine origin, and shortly after the first pandemic in XXI century was declared. OBJECTIVES: to establish a nucleotide sequencing strategy for the differential diagnosis of the seasonal and pandemic influenza A viruses, and to obtain as much molecular information as possible about hemagglutinin and neuraminidase genes in patients with influenza-like illnesses, in those with severe respiratory infection and in patients who died. METHODS: three sequencing strategies were designed and implemented, which also offered important information about the new virus in Cuba. RESULTS: the third strategy provided the most comprehensive results such as differential diagnosis, the surveillance of the D222G/E mutation in hemagglutinin and Tamiflu-resistant H275Y viral variants. In spite of the fact that the mentioned mutations were not detected, their presence in the Cuban population can not be ignored since these strategies were not designed for this end. It is imperative to design a study to fulfill this objective. CONCLUSIONS: the sequencing strategies in our algorithm allowed the differential diagnosis of the seasonal and the pandemic viruses, and their molecular characterization.]]></p></abstract>
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</front><body><![CDATA[ <div align="right">       <p><font face="Verdana" size="2"><B>ART&Iacute;CULO ORIGINAL </B></font></p>       <p><B> </B></p> </div> <B>     <P>      <P><font face="Verdana" size="4">Estrategia cubana de caracterizaci&oacute;n molecular    del virus influenza A/H1N1pdm </font>      <P>     <P><font face="Verdana" size="3">Cuban strategy for the molecular characterization    of the pandemic influenza A virus (H1N1)</font>  </B>      <p>&nbsp;</p>     <p>&nbsp;</p>     <P>      ]]></body>
<body><![CDATA[<P><b><font face="Verdana" size="2">Alexander Pi&ntilde;&oacute;n Ramos,<SUP>I</SUP>    Belsy Acosta Herrera,<SUP>II</SUP> Odalys Vald&eacute;s Ram&iacute;rez,<SUP>III</SUP>    Amely Arencibia Garc&iacute;a,<SUP>IV</SUP> Clara Estela Sav&oacute;n Vald&eacute;s,<SUP>V</SUP>    Grehete Gonz&aacute;lez Mu&ntilde;oz,<SUP>VI</SUP> Suset Isabel Oropesa Fern&aacute;ndez,<SUP>VII</SUP><SUB>    </SUB>El&iacute;as Quilarte Garc&iacute;a,<SUP>VIII</SUP><SUB> </SUB>Guelsys    Gonz&aacute;lez Baez,<SUP>IX</SUP><SUB> </SUB>B&aacute;rbara Hern&aacute;ndez    Espinosa,<SUP>X</SUP><SUB> </SUB>&Aacute;ngel Goyenechea Hern&aacute;ndez,<SUP>XI</SUP>    Mar&iacute;a Guadalupe Guzm&aacute;n Tirado,<SUP>XII</SUP><SUB> </SUB>Alina    Llop Hern&aacute;ndez,<SUP>XIII</SUP> Vivian Kour&iacute; Cardell&aacute;</font><font face="Verdana" size="2"><SUP>XIV    </SUP></font></b><SUP></SUP>      <P><font face="Verdana" size="2"><SUP>I</sup> Licenciado en Microbiolog&iacute;a.    M&aacute;ster en<B> </B>Virolog&iacute;a<B>. </B>Investigador Agregado. Instructor.    Departamento de Virolog&iacute;a, Instituto de Medicina Tropical &quot;Pedro    Kour&iacute;&quot; (IPK). La Habana, Cuba.    <br>   </font><font face="Verdana" size="2"><SUP>II</SUP> Doctor en Medicina. Especialista    de II Grado en Microbiolog&iacute;a. Investigador Auxiliar. Asistente. La Habana,    Cuba.    <br>   </font><font face="Verdana" size="2"><SUP>III</SUP> Licenciada en Bioqu&iacute;mica.    Doctora en Ciencias de la Salud. Investigadora Titular. Asistente. Departamento    de Virolog&iacute;a, IPK. La Habana, Cuba.    <br>   </font><font face="Verdana" size="2"><SUP>IV</SUP> Licenciada en Microbiolog&iacute;a.    Reserva Cient&iacute;fica. Departamento de Virolog&iacute;a, IPK. La Habana,    Cuba.    <br>   </font><font face="Verdana" size="2"><SUP>V</SUP> Licenciada en Ciencias Biol&oacute;gicas.    Doctora en Ciencias Biol&oacute;gicas. Investigadora Titular. Profesora Titular.    Departamento de Virolog&iacute;a, IPK. La Habana, Cuba.    <br>   </font><font face="Verdana" size="2"><SUP>VI</SUP> Licenciada en Microbiolog&iacute;a.    M&aacute;ster en Virolog&iacute;a. Investigadora Auxiliar. Asistente. Departamento    de Virolog&iacute;a, IPK. La Habana, Cuba.    <br>   </font><font face="Verdana" size="2"><SUP>VII</SUP> Doctor en Medicina. M&eacute;dico    Especialista de II Grado en Microbiolog&iacute;a. Investigador Auxiliar. Profesor    Auxiliar. Departamento de Virolog&iacute;a, IPK. La Habana, Cuba.    <br>   </font><font face="Verdana" size="2"><SUP>VIII</SUP> Doctora en Medicina. Especialista    de I Grado en Medicina General Integral. Residente de Microbiolog&iacute;a,    IPK. La Habana, Cuba.    <br>   </font><font face="Verdana" size="2"><SUP>IX</SUP> T&eacute;cnico Medio en Qu&iacute;mica    Farmac&eacute;utica. Auxiliar T&eacute;cnico Docente. Departamento de Virolog&iacute;a,    IPK. La Habana, Cuba.    ]]></body>
<body><![CDATA[<br>   </font><font face="Verdana" size="2"><SUP>X</SUP> T&eacute;cnico Medio en Microbiolog&iacute;a.    Auxiliar T&eacute;cnico Docente. Departamento de Virolog&iacute;a, IPK. La Habana,    Cuba.    <br>   </font><font face="Verdana" size="2"><SUP>XI</SUP> Especialista de II Grado    en Microbiolog&iacute;a. Investigador Titular. Profesor Titular. Departamento    de Virolog&iacute;a, IPK. La Habana, Cuba.    <br>   </font><font face="Verdana" size="2"><SUP>XII</SUP> Doctora en Medicina. Doctora    en Ciencias M&eacute;dicas. Doctora en Ciencias. Investigadora Titular. Profesora    Titular. Departamento de Virolog&iacute;a, IPK. La Habana, Cuba.    <br>   </font><font face="Verdana" size="2"><SUP>XIII</SUP> Doctora en Medicina. Doctora    en Ciencias M&eacute;dicas. Investigadora Titular. Profesora Titular. Subdirecci&oacute;n    de Microbiolog&iacute;a, IPK. La Habana, Cuba.    <br>   </font><font face="Verdana" size="2"><SUP>XIV</SUP> Doctora en Medicina. Doctora    en Ciencias M&eacute;dicas. Investigadora Titular. Profesora Auxiliar. Departamento    de Virolog&iacute;a, IPK. La Habana, Cuba.</font>      <P>     <P>  <hr size="1" noshade> <font face="Verdana" size="2"><B>RESUMEN </B></font>     <p><font face="Verdana" size="2"><b>INTRODUCCI&Oacute;N</b></font><font face="Verdana" size="2">:    en Abril de 2009 se identific&oacute; una variante del virus influenza A/H1N1    de origen porcino, lo cual determin&oacute; que fuese declarada r&aacute;pidamente    la primera pandemia del siglo XXI. <B>    <br>   OBJETIVO</B>: establecer una estrategia de secuenciaci&oacute;n nucleot&iacute;dica    que permitiera diagnosticar diferencialmente los virus influenza A estacionales    del nuevo virus pand&eacute;mico, as&iacute; como obtener la mayor cantidad    de informaci&oacute;n posible desde el punto de vista molecular de los genes    hemaglutinina y neuraminidasa, tanto de pacientes que sufrieron una enfermedad    tipo influenza como los que padecieron de una infecci&oacute;n respiratoria    aguda grave y los que fallecieron. <B>    <br>   M&Eacute;TODOS</B>: se dise&ntilde;aron e implementaron tres estrategias de    secuenciaci&oacute;n que brindaron informaci&oacute;n importante acerca del    nuevo virus en Cuba. <B>    ]]></body>
<body><![CDATA[<br>   RESULTADOS</B>: a trav&eacute;s de la tercera estrategia se obtuvieron los resultados    m&aacute;s completos: diagn&oacute;stico diferencial, vigilancia de las mutaciones    D222G/E en la hemaglutinina y las variantes virales H275Y resistentes al Tamiflu.    A pesar de no haber detectado las mutaciones mencionadas, no se puede descartar    su presencia en poblaci&oacute;n cubana, debido a que estas estrategias no fueron    dise&ntilde;adas con ese fin. Se impone dise&ntilde;ar un estudio para cumplir    con ese objetivo. <B>    <br>   CONCLUSIONES</B>: las estrategias de secuenciaci&oacute;n aplicadas en nuestro    algoritmo permitieron realizar el diagn&oacute;stico diferencial de los virus    influenza estacional del pand&eacute;mico y su caracterizaci&oacute;n molecular.    </font> </p>     <P>      <P><font face="Verdana" size="2"><B>Palabras clave</B>: influenza pand&eacute;mica,    secuenciaci&oacute;n, caracterizaci&oacute;n molecular, Cuba. </font> <hr size="1" noshade>     <P>      <P> <font face="Verdana" size="2"><B>ABSTRACT </B></font>      <P><font face="Verdana" size="2"><B>INTRODUCTION</b>: in April 2009, there was    identified a variant of the A/H1N1 influenza virus of swine origin, and shortly    after the first pandemic in XXI century was declared. <B>    <br>   OBJECTIVES</B>: to establish a nucleotide sequencing strategy for the differential    diagnosis of the seasonal and pandemic influenza A viruses, and to obtain as    much molecular information as possible about hemagglutinin and neuraminidase    genes in patients with influenza-like illnesses, in those with severe respiratory    infection and in patients who died. <B>    <br>   METHODS</B>: three sequencing strategies were designed and implemented, which    also offered important information about the new virus in Cuba. <B>    <br>   RESULTS</B>: the third strategy provided the most comprehensive results such    as differential diagnosis, the surveillance of the D222G/E mutation in hemagglutinin    and Tamiflu-resistant H275Y viral variants. In spite of the fact that the mentioned    mutations were not detected, their presence in the Cuban population can not    be ignored since these strategies were not designed for this end. It is imperative    to design a study to fulfill this objective. <B>    ]]></body>
<body><![CDATA[<br>   CONCLUSIONS</B>: the sequencing strategies in our algorithm allowed the differential    diagnosis of the seasonal and the pandemic viruses, and their molecular characterization.    </font>      <P><font face="Verdana" size="2"><B>Key words</B>: pandemic influenza, sequencing,    molecular characterization, Cuba. </font> <hr size="1" noshade>     <p>&nbsp;</p>     <p>&nbsp;</p>     <P>      <P>      <P><font face="Verdana" size="3"><B>INTRODUCCI&Oacute;N </B></font>      <P><font face="Verdana" size="2">En abril de 2009 fue identificada una variante    del virus influenza A/H1N1 de origen porcino conocida como la &#171;influenza    mexicana&#187;, la que fue declarada r&aacute;pidamente como la primera pandemia    del siglo XXI. Muchos pa&iacute;ses del mundo ten&iacute;an sus reservas de    drogas antivirales para el tratamiento de los pacientes infectados y para minimizar    la diseminaci&oacute;n del virus durante la primera fase de la pandemia, per&iacute;odo    en el cual no hay disponibilidad de vacunas efectivas contra la cepa pand&eacute;mica.<SUP>1</SUP>    La detecci&oacute;n r&aacute;pida de variantes de la influenza A/H1N1 pand&eacute;mica    (A/H1N1pdm) y la identificaci&oacute;n de variantes resistentes a los antivirales    es de gran importancia para la vigilancia pand&eacute;mica y en el control de    casos. </font>      <P><font face="Verdana" size="2">Las variaciones gen&eacute;ticas, predominantemente    en la forma de mutaciones puntuales, son una propiedad inherente de los virus    influenza y otros virus cuyo genoma se compone de &aacute;cido ribonucleico    (ARN). La mayor&iacute;a de las sustituciones de amino&aacute;cidos no est&aacute;n    ligadas a alteraciones en las propiedades del virus y las variantes virales    que contienen tales sustituciones son descritas como variantes neutrales. Su    significaci&oacute;n (si es que la tienen), permanece desconocida. Sin embargo,    en algunas ocasiones pueden emerger variantes con algunas de sus propiedades    alteradas, como pueden ser el rango de hospedero, tropismo, potencial de replicaci&oacute;n,    antigenicidad, entre otras.<SUP>2</SUP> </font>     <P><font face="Verdana" size="2">A trav&eacute;s de la Red de Vigilancia Global    de Influenza (RVGI)<SUP>3</SUP> rectorada por la Organizaci&oacute;n Mundial    de la Salud (OMS), varios pa&iacute;ses han logrado la secuenciaci&oacute;n    nucleot&iacute;dica de los virus A/H1N1pdm. Gran parte de este trabajo se centra    en los resultados de la caracterizaci&oacute;n molecular de regiones del genoma    de los virus influenza que determinan alteraciones en las propiedades antig&eacute;nicas    y perfiles de susceptibilidad a las drogas. Los cambios antig&eacute;nicos pueden    alterar la efectividad de las vacunas actuales que obligan a realizar selecciones    y recomendaciones de nuevos virus para la composici&oacute;n de esta. Por otro    lado, hay cambios que pueden provocar la aparici&oacute;n de variantes resistentes    a las drogas anti-influenza disponibles, que restringen las opciones de tratamiento    espec&iacute;fico y su uso como medida de control y prevenci&oacute;n. La mayor&iacute;a    de los virus A/H1N1 pdm son resistentes a los antivirales conocidos como adamantanos,    sin embargo, solo existen reportes de algunos casos individuales y peque&ntilde;os    grupos de virus pand&eacute;micos resistentes al oseltamivir (inhibidor de la    neuraminidasa= INA). Todos los virus oseltamivir-resistentes son susceptibles    a otra alternativa de INA, el zanamivir. Hasta la fecha no han emergido virus    que hayan experimentado cambios antig&eacute;nicos de inter&eacute;s en comparaci&oacute;n    con la cepa de referencia A/California/7/2009 y sus similares.<SUP>4</SUP> </font>     ]]></body>
<body><![CDATA[<P><font face="Verdana" size="2">Los virus influenza inician el proceso de infecci&oacute;n    a trav&eacute;s de la uni&oacute;n de la hemaglutinina (HA) a las mol&eacute;culas    de az&uacute;car del &aacute;cido si&aacute;lico (receptores) ubicadas en la    superficie de las c&eacute;lulas hospederas. La infecci&oacute;n por el virus    influenza es generalmente restringida al tracto respiratorio superior (TRS),    localizaci&oacute;n donde predominan los receptores de &aacute;cido si&aacute;lico    de uni&oacute;n <font face="Symbol">a</font>2-6.<SUP>5</SUP> Existen varios    reportes de cambios a nivel molecular que afectan la uni&oacute;n a los receptores    de la superficie celular a la cual van a infectar. La variante D222G ha sido    descrita en la HA de un n&uacute;mero limitado de virus A/H1N1 pdm, y se ha    sugerido la posibilidad de que afecte la uni&oacute;n de la HA a su receptor,    pudiendo ser la responsable de un cambio en la preferencia de uni&oacute;n al    receptor de &aacute;cido si&aacute;lico de <font face="Symbol">a</font>2-6 a    una preferencia dual <font face="Symbol">a</font>2-3/<font face="Symbol">a</font>2-6.<SUP>6</SUP>    Las c&eacute;lulas del tracto respiratorio que expresan receptores de uni&oacute;n    <font face="Symbol">a</font>2-3 son m&aacute;s abundantes en el tracto respiratorio    inferior (TRI) de las v&iacute;as respiratorias del humano.<SUP>7</SUP> Esta    observaci&oacute;n ha llevado a la hip&oacute;tesis de que los virus con especificidad    de receptor dual pueden replicarse y producir t&iacute;tulos virales elevados    en los pulmones, que dan como resultado un curso m&aacute;s severo de la enfermedad.    Sin embargo, no han sido publicados datos experimentales con cepas del virus    nuevo y recientes estudios con el virus pand&eacute;mico A/H1N1 de 1918 no apoyan    esta hip&oacute;tesis.<SUP>8</SUP> </font>      <P><font face="Verdana" size="2">Todas las razones expuestas antes apoyan la importancia    de la vigilancia de la evoluci&oacute;n molecular de estos virus. Teniendo en    cuenta que las secuencias nucleot&iacute;dicas generan cantidades enormes de    informaci&oacute;n sobre la variaci&oacute;n de los virus influenza y que constantemente    son descritas mutaciones nuevas, se considera esta como una v&iacute;a importante    de vigilar las huellas moleculares de estos virus y su posible impacto en la    salud humana. </font>     <P><font face="Verdana" size="2">En Cuba se diagnosticaron los primeros casos    en el Centro Nacional de Influenza (CNI), ubicado en el Instituto de Medicina    Tropical &quot;Pedro Kour&iacute;&quot; (IPK), desde el mismo inicio de la pandemia.    Sin embargo, adem&aacute;s de dise&ntilde;ar y aplicar una estrategia diagn&oacute;stica    espec&iacute;fica para el nuevo virus, fue necesaria la implementaci&oacute;n    de una estrategia que permitiera la caracterizaci&oacute;n y vigilancia molecular    del virus nuevo A/H1N1 pdm. </font>      <P>      <P> <font face="Verdana" size="2"><B><font size="3">M&Eacute;TODOS</font></B></font>     <P><font face="Verdana" size="2"><b>Muestras</b></font>  <B></B>      <P><font face="Verdana" size="2">Las muestras que formaron parte de este estudio    resultaron ser muestras positivas al virus influenza A, tanto por un protocolo    TR-RCP m&uacute;ltiple,<SUP>9</SUP> como por el protocolo publicado por el Centro    de Control de Enfermedades de Atlanta (CDC de Atlanta).<SUP>10</SUP> </font>     <P><font face="Verdana" size="2">Con la finalidad de obtener una elevada eficiencia    en la amplificaci&oacute;n de los segmentos de los genes deseados, de las muestras    positivas solo fueron seleccionadas aquellas cuyos valores de ciclo (a partir    del cual la intensidad de la fluorescencia emitida sobrepasa la basal [C<SUB>T</SUB>])    eran menores que 30. Adem&aacute;s, las muestras positivas al virus pand&eacute;mico    pertenec&iacute;an a diferentes grupos de pacientes: los que evolucionaron satisfactoriamente    despu&eacute;s de presentar una enfermedad tipo influenza (ETI), los que evolucionaron    padeciendo una infecci&oacute;n respiratoria aguda grave (IRAG), y los que evolucionaron    t&oacute;rpidamente hasta su fallecimiento. </font>     <P><font face="Verdana" size="2"><B>Obtenci&oacute;n de los productos de los genes    de la hemaglutinina y la neuraminidasa</B> </font>     <P><font face="Verdana" size="2">Con la finalidad de obtener fragmentos de calidad    y de gran tama&ntilde;o para la secuenciaci&oacute;n nucleot&iacute;dica, se    trazaron varias estrategias de secuenciaci&oacute;n que se fueron perfeccionando    en el transcurso de la pandemia. Las tres estrategias consistieron en: </font>     ]]></body>
<body><![CDATA[<P><font face="Verdana" size="2">1. Utilizaci&oacute;n de un protocolo TR-RCP    anidada del Instituto de Salud Carlos III, Majadahonda, Espa&ntilde;a<SUP>11</SUP>    para secuenciar un segmento del gen de la HA de aproximadamente unos 1 000 nucle&oacute;tidos    de los virus influenza A/H1N1 e influenza A/H3N2. </font>     <P><font face="Verdana" size="2">2. Introducci&oacute;n del protocolo de TR-RCP    empleado por el Centro de Referencia de la OMS en Londres para secuenciar los    genes completos de la HA y la neuraminidasa (NA).<SUP>12</SUP> </font>     <P><font face="Verdana" size="2">3. Combinaci&oacute;n de ambos m&eacute;todos    con la finalidad de obtener productos de mejor calidad para secuenciar la mayor    longitud posible de los genes de la HA y la NA, realizado por nuestro laboratorio.    </font>     <P><font face="Verdana" size="2"><B>Estrategia 1</B> </font>     <P><font face="Verdana" size="2"><I>Transcripci&oacute;n reversa-reacci&oacute;n    en cadena de la polimerasa (TR-RCP)</I> </font>     <P><font face="Verdana" size="2">La TR-RCP se realiz&oacute; utilizando el estuche    comercial OneStep RT-PCR siguiendo las instrucciones del productor (cat&aacute;logo    210212, QIAGEN, Alemania). Brevemente, se a&ntilde;adieron 5 &#181;L del ARN    extra&iacute;do de las muestras de exudado nasofar&iacute;ngeo a la mezcla de    reacci&oacute;n (de volumen final 45 &#181;L) que conten&iacute;an 30 &#181;L    de agua libre de ARNasa, 10 &#181;L de soluci&oacute;n tamp&oacute;n contenida    en el estuche comercial, 2 &#181;L dNTPs (10 mM cada uno), 0,5 &#181;L de cada    cebador descritos antes por <I>Tenorio</I> y otros<SUP>11</SUP> a 10 &#181;M    cada uno y 2 &#181;L del reactivo EMix contenido en el estuche comercial. Los    cebadores utilizados en este paso permiten amplificar la HA de los virus influenza    H1N1 estacional y pand&eacute;mico, as&iacute; como la HA de los virus estacionales    H3N2. </font>     <P><font face="Verdana" size="2"><I>Reacci&oacute;n en cadena de la polimerasa    anidada (RCP anidada)</I> </font>     <P><font face="Verdana" size="2">La RCP anidada se realiz&oacute; utilizando la    enzima Amplitaq DNA polimerasa (cat&aacute;logo F00759, Applied Biosystem, USA).    En esta reacci&oacute;n se utilizan 2 &#181;L del producto obtenido en la reacci&oacute;n    de TR-RCP en las dos mezclas que se preparan por separado. Estas dos mezclas    permiten la amplificaci&oacute;n por separado de un segmento de la HA de los    virus H1N1 estacional y pand&eacute;mico por un lado y del virus H3N2 por otro.    Los detalles de las mezclas se muestran en la <a href="/img/revistas/mtr/v63n1/t0104111.gif">tabla</a>,    los cebadores utilizados fueron anteriormente descritos.<SUP>11</SUP> </font>      
<P><font face="Verdana" size="2">Las longitudes de los segmentos obtenidos de    estas reacciones son de 980 pb para el virus influenza A/H1N1 y 1 100 pb para    el virus influenza A/H3N2. </font>     <P><font face="Verdana" size="2"><B>Estrategia 2</B> </font>     ]]></body>
<body><![CDATA[<P><font face="Verdana" size="2"><I>Transcripci&oacute;n reversa-reacci&oacute;n    en cadena de la polimerasa</I> (TR-RCP) </font>     <P><font face="Verdana" size="2">La TR-RCP se realiz&oacute; seg&uacute;n las    indicaciones del Centro de Referencia de la OMS de Londres y las normas para    el diagn&oacute;stico de laboratorio publicadas por la OMS. Los cebadores utilizados    en este protocolo permiten amplificar la HA y NA de los virus influenza A/H1N1    estacional y pand&eacute;mico, as&iacute; como de los virus estacionales del    subtipo A/H3N2.<SUP>12</SUP> Las combinaciones de los cebadores permiten obtener    productos que se superponen, lo cual garantiza obtener mayor informaci&oacute;n    y secuencias de mayor confiabilidad. </font>     <P><font face="Verdana" size="2"><B>Estrategia 3</B> </font>     <P><font face="Verdana" size="2">Para esta estrategia se utiliz&oacute; el producto    obtenido en la reacci&oacute;n de TR-RCP de la estrategia 1. Las mezclas de    la RCP anidada fueron realizadas con combinaciones diferentes de los cebadores    de la estrategia 2, que conten&iacute;an 31,5 &#181;L de agua libre de ARNasas,    10 &#181;L de soluci&oacute;n tamp&oacute;n, 2 &#181;L de dNTPs (10 mM cada    uno), 2 &#181;L de cada cebador a 10 &#181;M cada uno y 2 &#181;L de la enzima    Amplitaq DNA polimerasa (cat&aacute;logo F00759, <I>Applied Biosystem, USA</I>).    </font>     <P><font face="Verdana" size="2"><B>Purificaci&oacute;n de los productos de reacci&oacute;n    en cadena de la polimerasa obtenidos</B> </font>     <P><font face="Verdana" size="2">Los productos se purificaron utilizando el estuche    comercial <I>QIAquick</I> <I>PCR Purification</I> (cat&aacute;logo 28106, QIAGEN,    Alemania) siguiendo las especificaciones del productor. El proceso se realiz&oacute;    de forma automatizada con la utilizaci&oacute;n del QIAcube (QIAGEN, Alemania),    mediante las instrucciones del productor. </font>     <P><font face="Verdana" size="2"><B>Reacciones de secuencia y purificaci&oacute;n</B>    </font>     <P><font face="Verdana" size="2">Las reacciones de secuencia y la purificaci&oacute;n    se realizaron utilizando el estuche comercial <I>Dye Terminator Cycle Sequencing</I>    (DTCS) <I>Quick Start </I>(cat&aacute;logo PN 608120, <I>Beckman Coulter</I>,    USA), siguiendo las indicaciones del productor. </font>     <P><font face="Verdana" size="2">La secuenciaci&oacute;n nucleot&iacute;dica de    los productos purificados se realiz&oacute; en el secuenciador autom&aacute;tico    CEQ 8800 <I>Genetic Analyzer System</I> (Beckman Coulter, USA) mediante el m&eacute;todo    de terminaci&oacute;n de cadena por dideoxinucle&oacute;tidos. </font>     <P><font face="Verdana" size="2"><B>An&aacute;lisis de las secuencias nucleot&iacute;dicas</B>    </font>     ]]></body>
<body><![CDATA[<P><font face="Verdana" size="2">Las secuencias de los virus pand&eacute;micos    y estacionales obtenidas directamente de las muestras cl&iacute;nicas de los    pacientes cubanos infectados por estos virus, se publicaron en la base de datos    del banco de genes (GENBANK) de libre acceso en internet, bajo los n&uacute;meros    de acceso: HQ159391 al HQ159418; HM176606 al HM176614 y HQ190930 al HQ190946.    </font>     <P><font face="Verdana" size="2">Las secuencias se editaron utilizando los programas    EditSeq y SeqMan del paquete DNASTAR (Lasergene, Inc., Madison, WI) y los alineamientos    m&uacute;ltiples y las secuencias consenso se obtuvieron de los an&aacute;lisis    con el editor de alineamientos de secuencias BioEdit v.7.0.1.<SUP>13</SUP> La    traducci&oacute;n a amino&aacute;cidos para la b&uacute;squeda de mutaciones    se realiz&oacute; en el programa MEGA v.4.0.<SUP>14</SUP> Los &aacute;rboles    filogen&eacute;ticos se construyeron por dos programas diferentes, el MEGA v.4.0    y BEAST.<SUP>15</SUP> Los &aacute;rboles filogen&eacute;ticos construidos por    el programa BEAST se visualizaron y editaron en el programa FigTree v.1.3.1.    </font>     <P>      <P>      <P><font face="Verdana" size="3"><B>RESULTADOS</B> </font>      <P>      <P><font face="Verdana" size="2">La OMS ha estimado cada a&ntilde;o que la influenza    contabiliza entre un cuarto y medio mill&oacute;n de muertes en todo el mundo.    Actualmente, la vacunaci&oacute;n es el &uacute;nico medio pr&aacute;ctico de    reducir o contrarrestar la carga de morbilidad y mortalidad en la comunidad.<SUP>16</SUP>    Sin embargo, la producci&oacute;n de una vacuna anti-influenza &oacute;ptima    requiere de un monitoreo global continuo de los virus influenza, para detectar    la emergencia de virus que son diferentes de los que circularon antes. La habilidad    de los virus influenza para evadir la inmunidad adquirida en respuesta a la    infecci&oacute;n o vacunaci&oacute;n por las derivas antig&eacute;nicas progresivas,    exige una actualizaci&oacute;n regular de la composici&oacute;n de las vacunas    anuales, que reflejen a los virus contempor&aacute;neos.<SUP>17</SUP> </font>     <P><font face="Verdana" size="2">La necesidad de la vigilancia global de los virus    influenza fue reconocida en 1947 y propici&oacute; la organizaci&oacute;n de    la Red de Vigilancia Global de Influenza (RVGI) de la OMS, de la que son parte    importante los Centros Nacionales de Influenza (CNI). En conjunto, los laboratorios    miembros de la RVGI procesan alrededor de 500 000 muestras respiratorias por    a&ntilde;o, para monitorear la actividad del virus influenza en todo el mundo.    Alrededor de 8 000 virus de los aislados por los CNI son enviados a los Centros    Colaboradores de la OMS (CCOMS) para una caracterizaci&oacute;n antig&eacute;nica    y gen&eacute;tica m&aacute;s extensiva.<SUP>18</SUP> En Cuba, el CNI ubicado    en el IPK, es el encargado de la caracterizaci&oacute;n antig&eacute;nica y    gen&eacute;tica de los virus influenza. </font>     <P><font face="Verdana" size="2">Recientemente la humanidad se vio afectada por    la primera pandemia del siglo XXI, detectada primero en M&eacute;xico.<SUP>19</SUP>    Cuba no fue la excepci&oacute;n, raz&oacute;n por la cual el CNI de Cuba se    dio a la tarea de trazar estrategias que permitieron la caracterizaci&oacute;n    molecular de los virus influenza que circularon en este per&iacute;odo. </font>      <P><font face="Verdana" size="2">La <I>estrategia 1</I> posibilit&oacute; obtener    las primeras secuencias de un segmento del gen de la HA de los virus influenza    A, incluido el virus pand&eacute;mico. Aunque los segmentos obtenidos mediante    esta estrategia eran de un tama&ntilde;o alrededor de los 1 000 pb, despu&eacute;s    de la edici&oacute;n de las secuencias se obten&iacute;a un segmento &uacute;til    de aproximadamente 600 pb. Estos resultados fueron valiosos en cuanto a la diferenciaci&oacute;n    del virus A/H1N1 estacional del pand&eacute;mico, sobre todo en los primeros    meses de la pandemia, cuando no cont&aacute;bamos con el diagn&oacute;stico    por RCP en tiempo real, confirmando su valor como confirmatorio (<a href="/img/revistas/mtr/v63n1/f0104111.gif">Fig.    1</a>). </font>      
]]></body>
<body><![CDATA[<P><font face="Verdana" size="2">La <I>estrategia 2</I> permiti&oacute; obtener    las secuencias de la HA y por primera vez de la NA de los virus influenza A    en Cuba, incluido el virus pand&eacute;mico (<a href="/img/revistas/mtr/v63n1/f0204111.gif">Fig. 2</a>).    En este caso se pudieron obtener los segmentos casi completos de los mencionados    genes, aun despu&eacute;s de la edici&oacute;n de las secuencias. Esta estrategia,    al igual que la 1, permiti&oacute; la vigilancia de la mutaci&oacute;n D222G/E    (<a href="/img/revistas/mtr/v63n1/f0304111.gif">Fig. 3</a>). Sin embargo, para las muestras con valores    de C<SUB>T</SUB>&gt;30 no fue posible obtener un producto de RCP de calidad,    por lo que no se pudo obtener sus secuencias por esta estrategia. Este problema    fue visto sobre todo con las muestras de tejido de pulm&oacute;n proveniente    de pacientes fallecidos. Esta estrategia permiti&oacute; adem&aacute;s, iniciar    la vigilancia de la posible emergencia de cepas mutantes H275Y resistentes a    los INA, espec&iacute;ficamente al tamiflu (<a href="/img/revistas/mtr/v63n1/f0404111.gif">Fig. 4</a>).    </font>      
<P><font face="Verdana" size="2">Con las reacciones de la <I>estrategia 3</I>    se lograron obtener productos de gran calidad en cuanto a concentraci&oacute;n    y pureza para ambos genes analizados. Los productos obtenidos a partir de las    muestras de tejido de pulm&oacute;n resultaron &oacute;ptimos y esto permiti&oacute;    lograr secuencias de alta calidad a partir de esas muestras tan valiosas. </font>     <P>      <P>      <P><font face="Verdana" size="3"><B>DISCUSI&Oacute;N</B> </font>      <P>      <P><font face="Verdana" size="2">Aunque las estrategias 1 y 2 no fueron las m&aacute;s    adecuadas, se constat&oacute; que cada una tuvo su importancia en un contexto    determinado. </font>     <P><font face="Verdana" size="2">A inicios de la pandemia, la OMS public&oacute;    un listado de pa&iacute;ses con la capacidad diagn&oacute;stica para el nuevo    virus.<SUP>20</SUP> Esta lista se confeccion&oacute; teniendo en cuenta los    resultados del Proyecto de Evaluaci&oacute;n de la Calidad Externa de la OMS    (PECE/OMS),<SUP>21</SUP> para lo cual era necesario haber obtenido 100 % de    resultados positivos en los dos &uacute;ltimos paneles. Si bien los resultados    que permitieron a Cuba estar en esta lista fueron logrados con los sistemas    de RCP m&uacute;ltiple con los que contaba el CNI, cuando fue incluido el nuevo    virus en el panel, la estrategia 1 permiti&oacute; confirmar su detecci&oacute;n.    Au&uacute;n as&iacute;, esta estrategia no se consider&oacute; como la &oacute;ptima    porque el segmento no era lo suficiente grande como para obtener toda la informaci&oacute;n    posible sobre el nuevo virus y, adem&aacute;s, no se contaba con las secuencias    del gen de la NA para los an&aacute;lisis de resistencia. </font>     <P><font face="Verdana" size="2">Es en este punto donde cobra importancia la estrategia    2, que al ser introducida, permite obtener secuencias m&aacute;s largas de los    genes HA y las primeras secuencias de la NA. Esto permiti&oacute; introducir    la vigilancia de mutantes H275Y entre los virus pand&eacute;micos.<SUP>22</SUP>    </font>     <P><font face="Verdana" size="2">Por su parte, la estrategia 3 posibilit&oacute;    obtener los mismos resultados que la 1 y la 2. Sin embargo, permiti&oacute;    tambi&eacute;n la obtenci&oacute;n de secuencias a partir de las muestras de    tejido de pulm&oacute;n y con mejor calidad, objetivo que no se alcanz&oacute;    con las estrategias 1 y 2. </font>     ]]></body>
<body><![CDATA[<P><font face="Verdana" size="2">Al realizar el an&aacute;lisis de las secuencias    de un segmento del gen de la HA obtenidas en cualquiera de las tres estrategias,    se pudo diferenciar entre los virus influenza A estacionales y el pand&eacute;mico,    que se demuestra su utilidad como m&eacute;todo confirmatorio de los casos sospechosos    (<a href="/img/revistas/mtr/v63n1/f0104111.gif">Fig. 1</a>). Cuando se quiere realizar el diagn&oacute;stico    diferencial entre los virus influenza, se debe tener en cuenta que la regi&oacute;n    amplificada por los cebadores pueda establecer la diferencia entre los subtipos.<SUP>23    </SUP> </font>      
<P><font face="Verdana" size="2">Los segmentos del gen de la HA obtenidos mediante    la estrategia 2 fueron mayores que los de la 1, lo cual permite obtener mayor    informaci&oacute;n sobre este gen en el nuevo virus pand&eacute;mico. Por ejemplo,    se pudo comprobar que al menos la mutaci&oacute;n D222G/E,<SUP>24</SUP> presente    en algunos casos con diagn&oacute;stico cl&iacute;nico de IRAG y fallecidos,    no fue encontrada en las muestras cubanas analizadas (<a href="/img/revistas/mtr/v63n1/f0304111.gif">Fig.    3</a>). Las secuencias para el caso de las muestras de tejido de pulm&oacute;n,    se obtuvieron utilizando la estrategia 3, porque al aplicar una TR-RCP anidada    como m&eacute;todo, se gan&oacute; en sensibilidad y se obtuvieron segmentos    con una mayor calidad y concentraci&oacute;n de &aacute;cido desoxirribonucleico    (ADN). Sin embargo, en las muestras cubanas se hallaron otros cambios importantes,    los cuales merecen un an&aacute;lisis m&aacute;s profundo. </font>      
<P><font face="Verdana" size="2">Cuando se analiza un segmento del gen de la NA,    de igual forma se pudo realizar el diagn&oacute;stico diferencial de los virus    estacionales con el pand&eacute;mico (<a href="/img/revistas/mtr/v63n1/f0204111.gif">Fig. 2</a>), apoyado    tambi&eacute;n por la selecci&oacute;n correcta de los cebadores.<SUP>23</SUP>    </font>      
<P><font face="Verdana" size="2">La obtenci&oacute;n de estos segmentos result&oacute;    posible por las estrategias 2 y 3, sin embargo, solo la estrategia 3 permiti&oacute;    obtener los segmentos de calidad mayor en el caso de las muestras de tejido    de pulm&oacute;n. Al contar con los segmentos de la NA se inici&oacute; en nuestro    laboratorio la vigilancia de cepas emergentes resistentes al tamiflu (INA).<SUP>22</SUP>    Los an&aacute;lisis de las muestras cubanas no mostraron ning&uacute;n caso    de resistencia al tamiflu, incluidos los pacientes que padecieron ETI, IRAG    y pacientes fallecidos (<a href="/img/revistas/mtr/v63n1/f0404111.gif">Fig. 4</a>). Sin embargo, hay    que ser cuidadosos a la hora de analizar este resultado porque se han encontrado    variantes del virus A/H1N1 pdm mutantes H275Y que aparecen de forma natural    y no se trasmiten, es decir, aparecen de forma puntual en determinados pacientes.    Existen reportes en la literatura internacional que apoyan esta observaci&oacute;n,    donde expresan que los virus influenza resistentes a los INA pueden diferenciarse    en cuanto a la fijaci&oacute;n y transmisibilidad, en dependencia del nivel    de p&eacute;rdida de la funcionalidad de la NA.<SUP>25</SUP> No obstante, se    ha podido ver lo contrario en pacientes que padecen de influenza A/H1N1 estacional.<SUP>26</SUP>    </font>      
<P><font face="Verdana" size="2">Las tres estrategias utilizadas en el CNI de    influenza en Cuba permitieron caracterizar molecularmente al nuevo virus influenza    A/H1N1pdm. Cada una permiti&oacute; realizar el diagn&oacute;stico diferencial    entre los virus estacionales y pand&eacute;micos. La estrategia considerada    como la m&aacute;s completa fue la tercera porque adem&aacute;s de permitir    el diagn&oacute;stico diferencial, posibilit&oacute; obtener secuencias de HA    mayores que la estrategia 1 y de mayor calidad que la 1 y la 2 para los genes    HA y NA en el caso de muestras de tejido de pulm&oacute;n. Las secuencias de    HA en las cepas cubanas analizadas no presentaron la mutaci&oacute;n D222G/E,    mientras que las secuencias de NA no mostraban la mutaci&oacute;n H275Y que    es un marcador molecular de resistencia al tamiflu. No obstante, se recomienda    realizar estudios de un n&uacute;mero mayor de muestras para poder llegar a    una conclusi&oacute;n definitiva. </font>      <P>     <P>      <P><font face="Verdana" size="3"><B>AGRADECIMIENTOS</B> </font>      <P>      <P><font face="Verdana" size="2">A los colegas miembros del CNI del Instituto    de Salud Carlos III y a los del Centro Colaborador de la Organizaci&oacute;n    Mundial de la Salud de Londres por su cooperaci&oacute;n con los protocolos    para la obtenci&oacute;n de los productos de secuencia. A la oficina de la Organizaci&oacute;n    Panamericana de la Salud (OPS) en Cuba por su colaboraci&oacute;n constante.    </font>     ]]></body>
<body><![CDATA[<P>      <P>      <P>      <P><font face="Verdana" size="3"><B>REFERENCIAS BIBLIOGR&Aacute;FICAS</B></font><font face="Verdana" size="2">    </font>      <P>      <!-- ref --><P><font face="Verdana" size="2">1. Lackenby A, Thompson CI, Democratis J. The    potential impact of neuraminidase inhibitor resistant influenza. Curr Opin Infect    Dis. 2008;21(6):626-38. </font>     <!-- ref --><P><font face="Verdana" size="2">2. 2009 pandemic influenza A(H1N1) virus mutations    reported to be associated with severe disease [cited 2009]. Available in: <a href="http://www.ecdc.europa.eu/en/activities/sciadvice" target="_blank">http://www.ecdc.europa.eu/en/activities/sciadvice</a>    </font>      <!-- ref --><P><font face="Verdana" size="2">3. Global influenza surveillance network: laboratory    surveillance and response to pandemic H1N1 2009. Wkly Epidemiol Rec. 2009;84(36):361-5.    </font>     <!-- ref --><P><font face="Verdana" size="2">4. 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