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<article-title xml:lang="es"><![CDATA[CARACTERIZACIÓN MOLECULAR DE AISLADOS DE CAMPO DEL VIRUS DEL ENCRESPAMIENTO AMARILLO DE LA HOJA DEL TOMATE (TYLCV)]]></article-title>
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<abstract abstract-type="short" xml:lang="en"><p><![CDATA[Begomoviruses are plant emergent viruses. Due to the persistent TYLCV infections in tomato fields, the losses caused by theses viruses in the worldwide agriculture and the high variability reported for most of their members, the objective of this work was to characterize the genetic variability of the natural population of TYLCV in Cuba. Twenty one isolates of TYLCV, collected from several years and regions of the country, were amplified and sequenced using specific primers that amplify the intergenic region (IR) and the 5` end of c1 gene or replication protein (rep). The sequences obtained were analyzed by bioinformatic softwares to determine the phylogenetic relationship with other TYLCV isolates reported in Genkbank, and predict possible secondary structures. Results evidenced the presence of an only one TYLCV population in the country, where all the isolates showed between 97-99% identity of their nucleotide sequences with that TYLCV previously isolated in Cuba. The presence of three different secondary structures with high thermodynamic stability was determined, being the predominant structure similar to that of TYLCV-Egypt and different from that of TYLCV-Isr. These results provide new elements for the characterization of the genetic diversity and control of TYLCV, and could explain the possible causes of the wide dissemination of the virus observed in the Cuban tomato fields.]]></p></abstract>
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</front><body><![CDATA[ <p align="right"><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><b>Trabajo    original</b></font></p>     <p>&nbsp;</p>     <p>&nbsp;</p>     <p><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><B><font size="4">CARACTERIZACI&Oacute;N    MOLECULAR DE AISLADOS DE CAMPO DEL VIRUS DEL ENCRESPAMIENTO AMARILLO DE LA HOJA    DEL TOMATE (TYLCV)</font></B></font></p>     <p>&nbsp;</p>     <p><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><b><font size="3">MOLECULAR    CHARACTERIZATION OF FIELD ISOLATES OF TOMATO YELLOW LEAF CURL VIRUS (TYLCV)</font></b></font></p>     <p>&nbsp;</p> <B>     <P>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Madelaine Qui&ntilde;ones,    D. Fonseca y Yamila Mart&iacute;nez</font>  </B>      <P> <font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><I>Grupo de Fitopatolog&iacute;a,    Direcci&oacute;n de Protecci&oacute;n de Plantas, Centro Nacional de Sanidad    Agropecuaria (CENSA), Apartado 10, San Jos&eacute; de las Lajas, La Habana.    Cuba. Correo electr&oacute;nico: <a href="mailto:madeqp@censa.edu.cu">madeqp@censa.edu.cu</a></I></font>      ]]></body>
<body><![CDATA[<P>     <P>     <p>&nbsp;</p>     <p>&nbsp;</p> <hr noshade size="1">     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><B>RESUMEN</B></font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Los begomovirus    constituyen &#171;virus emergentes&#187; de plantas. Debido a las infecciones    persistentes en los campos de tomate, las p&eacute;rdidas ocasionadas por estos    virus a la agricultura mundial y a la gran variabilidad informada para muchos    de sus miembros, por lo que el objetivo de este trabajo fue caracterizar la    variabilidad gen&eacute;tica de la poblaci&oacute;n natural del TYLCV predominante    en Cuba. Para esto, se secuenciaron 21 aislados de campo del TYLCV, obtenidos    de diferentes a&ntilde;os y regiones del pa&iacute;s. Se utilizaron cebadores    espec&iacute;ficos para la amplificaci&oacute;n y secuenciaci&oacute;n de la    regi&oacute;n interg&eacute;nica (RI) y del extremo 5` terminal del gen <I>c1</I>    o prote&iacute;na de la replicaci&oacute;n (<I>rep</I>). Las secuencias obtenidas    se analizaron mediante programas bioinform&aacute;ticos para determinar las    relaciones filogen&eacute;ticas con otros aislados de TYLCV informadas en bases    de datos y predicci&oacute;n de posibles estructuras secundarias. Los resultados    evidenciaron la presencia de una &uacute;nica poblaci&oacute;n del TYLCV en    el pa&iacute;s, donde todos los aislamientos mostraron entre 97-99% de identidad    con el TYLCV previamente aislado en Cuba. Se determin&oacute; la presencia de    tres estructuras secundarias diferentes con elevada estabilidad termodin&aacute;mica,    donde la estructura predominante es similar a la determinada para el TYLCV aislado    en Egipto y diferente al TYLCV-Isr previamente aislado en el pa&iacute;s. Los    resultados obtenidos en este trabajo aportan nuevos elementos para la caracterizaci&oacute;n    de la diversidad gen&eacute;tica y el control del TYLCV; los que pudieran explicar    las posibles causas de la amplia diseminaci&oacute;n de este virus observada    en los campos de tomate cubanos. </font>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><b>Palabras clave:</b>    TYLCV; begomovirus; tomate; variabilidad gen&eacute;tica; PCR; secuenciaci&oacute;n;    estructura secundaria.</font> <hr noshade size="1">     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><b>ABSTRACT</b></font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Begomoviruses are    plant emergent viruses. Due to the persistent TYLCV infections in tomato fields,    the losses caused by theses viruses in the worldwide agriculture and the high    variability reported for most of their members, the objective of this work was    to characterize the genetic variability of the natural population of TYLCV in    Cuba. Twenty one isolates of TYLCV, collected from several years and regions    of the country, were amplified and sequenced using specific primers that amplify    the intergenic region (IR) and the 5` end of <I>c1</I> gene or replication protein    (<I>rep</I>). The sequences obtained were analyzed by bioinformatic softwares    to determine the phylogenetic relationship with other TYLCV isolates reported    in Genkbank, and predict possible secondary structures. Results evidenced the    presence of an only one TYLCV population in the country, where all the isolates    showed between 97-99% identity of their nucleotide sequences with that TYLCV    previously isolated in Cuba. The presence of three different secondary structures    with high thermodynamic stability was determined, being the predominant structure    similar to that of TYLCV-Egypt and different from that of TYLCV-Isr. These results    provide new elements for the characterization of the genetic diversity and control    of TYLCV, and could explain the possible causes of the wide dissemination of    the virus observed in the Cuban tomato fields.</font>  <B></B>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><b>Key words: </b>TYLCV;    begomoviruses; tomato; genetic variability; PCR; sequencing; secondary structure.</font> <hr noshade size="1">     ]]></body>
<body><![CDATA[<P>     <P>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><B><font size="3">INTRODUCCI&Oacute;N</font></B></font>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Los begomovirus,    pertenecientes a la familia <I>Geminiviridae</I>, constituyen el principal problema    fitosanitario del cultivo del tomate (<I>Lycopersicon esculentum</I> Mill)en    las regiones tropicales y subtropicales (3). La presencia de miembros de este    g&eacute;nero, como el virus del chino del tomate (CdTV) en M&eacute;xico y    el virus del encrespamiento amarillo de la hoja del tomate (TYLCV) en la mayor&iacute;a    de los pa&iacute;ses de la cuenca del Caribe, han provocado p&eacute;rdidas    de hasta un 100% de las cosechas (15). En Cuba, se han informado p&eacute;rdidas    entre el 20-100% en este cultivo debido al azote de plagas y enfermedades, dentro    de estos los begomovirus constituye uno de los principales problemas identificados    (6, 23). </font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">A inicios de la    d&eacute;cada de los 90&#180; la elevada incidencia de estos virus hizo necesario    la puesta en marcha de un programa de manejo integrado del complejo mosca blanca-geminivirus    y la ejecuci&oacute;n de proyectos de investigaci&oacute;n encaminados a la    identificaci&oacute;n, caracterizaci&oacute;n y obtenci&oacute;n de m&eacute;todos    de diagn&oacute;stico para la detecci&oacute;n del agente causal. Como resultado    de estos proyectos se identificaron en el pa&iacute;s tres begomovirus en el    cultivo del tomate: el virus monopartito del encrespamiento amarillo de la hoja    del tomate identificado en Israel (TYLCV-Isr) (13), los virus bipartitos ta&iacute;no    moteado del tomate (ToMoTV) (24) y mosaico Habana del tomate (ToMHV) (14). </font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Los estudios de    distribuci&oacute;n de begomovirus en &aacute;reas de la provincia de La Habana    mostraron la presencia del TYLCV, ToMHV y de infecciones mixtas de estos virus    en las principales variedades comerciales en producci&oacute;n, donde la infecci&oacute;n    por el TYLCV result&oacute; ser la de mayor distribuci&oacute;n (12). Recientes    informes muestran una predominancia de este virus en varios pa&iacute;ses (Rep&uacute;blica    Dominicana, Jamaica, Estados Unidos y Espa&ntilde;a), el cual ha sido capaz    de desplazar a los virus end&eacute;micos y se ha convertido en la mayor causa    de p&eacute;rdidas de la agricultura de estos pa&iacute;ses (2, 17, 27, 28),    el que infect&oacute; no solo el tomate, sino otros cultivos de importancia    econ&oacute;mica, como el frijol (<I>Phaseolus vulgaris</I>) y pimiento (<I>Capsicum    annuum</I>) (17, 22, 25, 27), adem&aacute;s de malezas encontradas frecuentemente    en las &aacute;reas de producci&oacute;n de muchos cultivos de inter&eacute;s    agr&iacute;cola (29). </font>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Por otra parte,    los resultados obtenidos a partir de los estudios de evoluci&oacute;n y variabilidad    de las poblaciones de virus de ADN, son pocos hasta la fecha, y en el caso espec&iacute;fico    de los begomovirus han sido muy escasos. En la actualidad los trabajos realizados    con este fin se basan fundamentalmente en el estudio de las regiones interg&eacute;nica    (RI) y el extremo 5&#180; terminal del gen <I>c1</I> o proteina <I>rep</I> de    los begomovirus, por su funci&oacute;n la replicaci&oacute;n de estos virus    y la informaci&oacute;n taxon&oacute;mica que estas ofrecen para la caracterizaci&oacute;n    de nuevos aislados (5,17). Estos resultados, unidos a la amplia diversidad de    los begomovirus presentes en toda la regi&oacute;n de Am&eacute;rica Latina    y el Caribe, as&iacute; como a los recientes informes de emergencia de muchos    de los miembros de esta familia y el alto potencial de recombinaci&oacute;n    informado, para dar lugar a nuevos virus, en algunos casos de mayor severidad,    conllevaron a la necesidad de profundizar en el estudio de estos pat&oacute;genos.    El objetivo de este trabajo ha sido caracterizar la variabilidad gen&eacute;tica    de la poblaci&oacute;n natural del TYLCV-Isr en Cuba, mediante la amplificaci&oacute;n,    secuenciaci&oacute;n y an&aacute;lisis molecular de la regi&oacute;n interg&eacute;nica    (RI) y el extremo 5` terminal del gen de la replicasa viral<I> </I>de nuevos    aislados de campo colectados. Estos resultados aportan nuevos elementos cognoscitivos    de la enfermedad en el pa&iacute;s y son de gran valor para el manejo y control    de esta entidad.</font>      <P>     <P>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><B><font size="3">MATERIALES    Y M&Eacute;TODOS</font></B></font>     ]]></body>
<body><![CDATA[<P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><b>Selecci&oacute;n    de los aislados del TYLCV-Isr presente en Cuba</b></font>  <B></B>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Con el objetivo    de determinar la variabilidad gen&eacute;tica dentro de la poblaci&oacute;n    natural del TYLCV-Isr presente en Cuba se seleccionaron 21 aislados del virus.    Para esta selecci&oacute;n se tuvieron en cuenta los siguientes aspectos: a&ntilde;o    de colecta, regi&oacute;n de procedencia y la variedad de tomate en que fue    aislado el virus (<a href="/img/revistas/rpv/v22n1/f0107107.gif">Tabla    1</a>). </font>      
<P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><B>Reacci&oacute;n    en Cadena de la Polimerasa (PCR)</B> </font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Los ADN seleccionados    se analizaron mediante la PCR para lo cual se amplific&oacute; la regi&oacute;n    interg&eacute;nica y el fragmento correspondiente al extremo 5&#180; terminal    del gen <I>rep</I> del TYLCV-Isr con los cebadores IRTY2353+ (an&aacute;logo    a la posici&oacute;n 2353 de la cadena viral) / IRTY 255- (complementario a    la posici&oacute;n 255 de esta secuencia) descritos previamente (22). Las reacciones    de amplificaci&oacute;n se ajustaron a un volumen final de 50 mL, se utiliz&oacute;    1U de la enzima Taq ADN Polimerasa en la soluci&oacute;n amortiguadora suministrada    por la casa comercial (Promega) y suplementado con 200 mM de cada dNTP, 2 mM    de MgCl<SUB>2 </SUB>(Promega), 0.4 mM de cada cebador y 100ng de la muestra.    </font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Las amplificaciones    se realizaron en un termociclador (MJ Research, Inc.). El programa de amplificaci&oacute;n    consisti&oacute; en un paso inicial de desnaturalizaci&oacute;n a 95<SUP>0</SUP>C    durante 5 min, seguida por 35 ciclos de reacci&oacute;n (30s a 95<SUP>0</SUP>C    de desnaturalizaci&oacute;n, 30 s a 60<SUP>0</SUP>C de anillamiento de los cebadores    y 30 s a 72<SUP>0</SUP>C de extensi&oacute;n), seguido por un paso de extensi&oacute;n    final durante 7 min a 72<SUP>0 </SUP>C. Los productos de la PCR se analizaron    en geles de agarosa al 1%, se utiliz&oacute; como patr&oacute;n de peso molecular    el marcador de 1Kb (GIBCO) (29). </font>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">La banda de inter&eacute;s    de cada producto de la PCR (684pb) se purific&oacute;, mediante el juego de    reactivos Gene Clean II de acuerdo a las condiciones recomendadas por la casa    comercial (Bio101. Inc) y la concentraci&oacute;n de los fragmentos purificados    se determin&oacute; mediante la lectura de la D.O a 260 nm en un espectrof&oacute;tometro    LassosSpec III (Lasso Biotech, LTDA) (29). </font>      <P>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><B>An&aacute;lisis    de las secuencias nucleot&iacute;dicas </B> </font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Los productos obtenidos    en la PCR se secuenciaron. Para esto se utilizaron los cebadores espec&iacute;ficos    IRTY2353+/ IRTY 255- anteriormente descritos.<B> </B>La secuenciaci&oacute;n    se realiz&oacute; autom&aacute;ticamente mediante el uso del sistema &quot;ABI    PRISM Dye terminator&quot;, con el juego de lectura de ciclos de secuencia con    la enzima ADN polimerasa (AmpliTaq DNA polymerase FS, Perkin Elmer) de acuerdo    con las condiciones recomendadas por la casa comercial. Las reacciones de secuenciaci&oacute;n    se prepararon seg&uacute;n el protocolo adjunto al juego de reactivos. Las secuencias    y el cromatograma obtenido para las mismas se analizaron mediante el programa    inform&aacute;tico Chromas (versi&oacute;n 1.62) (<U><a href="http://www.technelysium.com.au/Chromas.html">http://www.technelysium.com.au/Chromas.html</a></U>).    </font>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Para el an&aacute;lisis    y comparaci&oacute;n de las secuencias de la RI se escogieron de forma representativa    11 de los nuevos aislados de campo, mientras que para el estudio del extremo    5' Terminal del gen<I> c1</I> se seleccionaron nueve aislados. Las secuencias    nucleot&iacute;dicas se compararon con las de distintos aislamientos del TYLCV-Isr    (TYLCV-Cu (Cuba); TYLCV-Jp (Jap&oacute;n); TYLCV- Isr (Israel); TYLCV-Esp (Espa&ntilde;a);    TYLCV-Port (Portugal); TYLCV- RD (Rep Dominicana), as&iacute; como de otros    begomovirus relacionados (TYLCV-Sar (TYLCV aislado en Cerde&ntilde;a, TMoHV,    TToMV) informadas en la base de datos NCBI (<U><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi</a></U>    ). El alineamiento de las secuencias se realiz&oacute; con el programa CLUSTAL    W (versi&oacute;n 1.75) (30) y se calcul&oacute; la matriz<U> </U>de distancias    evolutivas de acuerdo al m&eacute;todo de Kimura (11). El &aacute;rbol filogen&eacute;tico    se construy&oacute; por el m&eacute;todo del vecino m&aacute;s cercano (28)    con el programa &quot;Windows Easy Tree&quot; (WET, versi&oacute;n 1.31) (4)    y se realiz&oacute; un remuestreo para 1000 replicaciones. </font>      ]]></body>
<body><![CDATA[<P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><B>Predicci&oacute;n    de las estructuras secundarias del extremo 5&#180; de la RI</B> </font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">La predicci&oacute;n    de las estructuras secundarias &oacute;ptimas de los nucle&oacute;tidos (1-200)    del extremo 5&#180; de la RI de los nuevos aislados se realiz&oacute; con el    programa MFOLD (versi&oacute;n 3.25) del paquete GCG (32) (<U><a href="http://www.bioinfo.math.rpi.edu/mfold">http://www.bioinfo.math.rpi.edu    /mfold</a></U>) a 37&#176;C, y estas se compararon con la obtenida para el TYLCV-Isr    y los aislados de Rep&uacute;blica Dominicana, Egipto e Ir&aacute;n informados    en la base de datos del NCBI. </font>      <P>     <P>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="3"><b>RESULTADOS Y    DISCUSI&Oacute;N</b></font>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><b>Variabilidad    de la poblaci&oacute;n natural del TYLCV-Isr en el cultivo del tomate en Cuba</b></font>  <B></B>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Al comparar la    secuencia completa de los fragmentos de 684pb de los 21 aislamientos cubanos    del TYLCV-Isr, se separaron los alineamientos correspondientes a la regi&oacute;n    5&#180; terminal de la <I>rep</I> y la secuencia de la regi&oacute;n interg&eacute;nica.    El alineamiento de las secuencias de la regi&oacute;n 5' terminal del gen <I>rep</I><B>    </B> de los aislados secuenciados y su comparaci&oacute;n con la misma regi&oacute;n    del TYLCV aislado previamente en Cuba (13) mostr&oacute; entre 95 y 99% de identidad.    Mientras que al comparar las secuencias de la RI de estos nuevos aislamientos    con la del TYLCV aislado previamente mostr&oacute; entre ellos porcentajes de    homolog&iacute;a desde 96 hasta 100%. Estos resultados evidencian la poca divergencia    encontrada entre las secuencias de los aislados estudiados y el TYLCV-Isr previamente    identificado en el pa&iacute;s (13) y de acuerdo a los criterios taxon&oacute;micos    establecidos (21) sugieren la presencia de un &uacute;nico aislamiento del TYLCV-Isr    en el cultivo del tomate en Cuba. Las observaciones hechas para el virus del    mosaico amarillo dorado del frijol (BGYMV) en Brasil apoyan estos resultados,    donde los estudios de comparaci&oacute;n de secuencias de nuevos aislados con    los previamente informados mostraron porcentajes de homolog&iacute;a entre el    93 y 100% (5). </font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">La <a href="/img/revistas/rpv/v22n1/f0207107.gif">Figura    1 (A y B)</a> muestra las relaciones filogen&eacute;ticas obtenidas al realizar    el alineamiento de los fragmentos de la RI y del extremo 5' de la <I>rep</I>,    de 10 de las aislados secuenciados. </font>      
<P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Puede observarse    (<a href="/img/revistas/rpv/v22n1/f0207107.gif">Fig. 1A</a>), que los aislados    comparados se separan en dos grupos diferentes (<B>I</B> y <B>II</B>); el primero    agrupa a los aislados del TYLCV (aislado de Israel, los aislados caribe&ntilde;os    del mismo (TYLCV-Cu y TYLCV-RD) y los aislados de Espa&ntilde;a (TYLCV-Esp),    Portugal (TYLCV-Port), Jap&oacute;n (TYLCV-Jp) y Cerde&ntilde;a (TYLCV-Sar).    Mientras que en el grupo <B>II</B> se encuentran los begomovirus bipartitos    identificados en Cuba en los &uacute;ltimos a&ntilde;os (TMoHV; TToMV). Dentro    del grupo <B>I</B> se distinguen dos subgrupos (<B>A</B> y <B>B</B>), donde    se integran en el subgrupo<B> A</B> los aislados del TYLCV de Israel, Cuba,    Rep&uacute;blica Dominicana, Espa&ntilde;a, Portugal y Jap&oacute;n junto con    los nuevos aislados cubanos en estudio. Sin embargo el TYLCV-Sar se separa independiente    en el subgrupo <B>B</B>. Por otra parte, el subgrupo A se divide en dos nuevos    subgrupos (<B>C</B> y <B>D</B>), encontr&aacute;ndose en el <B>C</B> los aislados    del TYLCV caribe&ntilde;os y en el <B>D</B> los aislados de Espa&ntilde;a, Portugal    y Jap&oacute;n, resultados estos que coinciden totalmente con lo esperado. </font>      
<P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">La comparaci&oacute;n    de las secuencias del extremo 5&#180; del gen <I>rep</I> (<a href="/img/revistas/rpv/v22n1/f0207107.gif">Fig.    1B</a>) mostr&oacute; resultados similares a los obtenidos al analizar los fragmentos    de la RI secuenciadas de los diferentes aislados y comparadas con las secuencias    de referencia utilizadas en el trabajo. De igual forma el an&aacute;lisis filogen&eacute;tico    mostr&oacute; la presencia de dos grandes grupos (I y II). El grupo I une a    todos los aislados de TYLCV comparados y en el grupo II se integran los begomovirus    bipartitos aislados en Cuba. </font>      
]]></body>
<body><![CDATA[<P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Estos resultados    confirman que las secuencias analizadas en este trabajo constituyen nuevos aislados    del TYLCV-Isr, ya que son id&eacute;nticos al resto de los aislados del virus    utilizados como referencia en este trabajo y evidencian una r&aacute;pida diseminaci&oacute;n    de este virus en el pa&iacute;s previo a su introducci&oacute;n a inicios de    la d&eacute;cada del 90, a trav&eacute;s, posiblemente del intercambio de material    vegetal con estas Islas del Caribe o con Israel (15,12). </font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Comparaciones m&aacute;s    detalladas de la secuencia de nucle&oacute;tidos del extremo 5&#180; de la RI    mostraron que en 11 aislados (To 336, To 165, To 418, To 476, To 600, To 1023,    To 1160, To 933, To 227, To 64 y To 729) se observaron peque&ntilde;as sustituciones    de nucle&oacute;tidos a lo largo de las secuencias analizadas al compararlos    con la secuencia del TYLCV previamente aislado en Cuba. No obstante, la secuencia    de nonanucle&oacute;tidos (<B>TAATATTAC</B>) t&iacute;pica de esta familia viral,    capaz de formar una estructura de tallo-lazo y ubicada entre los nucle&oacute;tidos    138-170 de la RI, est&aacute; perfectamente conservada en todos los aislados,    tal como ha sido informado para todos los geminivirus caracterizados hasta la    fecha (9,12,31). Estos resultados son similares a los obtenidos por Faria y    Maxwell (5) al caracterizar la regi&oacute;n RI del virus del mosaico dorado    amarillo del frijol (BGYMV) en Brasil. </font>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Los cambios m&aacute;s    significativos en estas secuencias ocurrieron en el aislado To227, donde se    observ&oacute; una sustituci&oacute;n del nucle&oacute;tido <B>T</B> por <B>C</B>    en la posici&oacute;n 151 (extremo 5' de la RI y cercano al tallo de la secuencia    de nonanucle&oacute;tidos conservada). Mientras que en los aislados To 600,    To 933, To1160 y To1023 ocurri&oacute; una sustituci&oacute;n del nucle&oacute;tido    <B>G</B> por <B>C</B> en la posici&oacute;n 180 de esta secuencia (en la zona    del tallo posterior a la secuencia de nonanucle&oacute;tidos). De igual forma    los aislados To 729 (G por A) y To 227 (T por C) mostraron sustituciones de    nucle&oacute;tidos en la zona del tallo adyacente a la secuencia de nonanucle&oacute;tidos    conservada. En los aislados To64, To336, To 418 y To165, tambi&eacute;n se observaron    peque&ntilde;os cambios en otras regiones de menor importancia dentro del extremo    5&#180; de la RI. </font>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Por otra parte,    la comparaci&oacute;n de las secuencias repetidas o iterones (<B>ATCGGTGATCGGTG</B>)    (motivos supuestos espec&iacute;ficos de uni&oacute;n con la prote&iacute;na    <I>rep)</I>,<B><I> </I> </B>ubicados de forma adyacente a la secuencia <B>TATA</B>    a partir de las posiciones 11, 38 y 46 del extremo 5`terminal de la cadena viral    y a partir de la posici&oacute;n 82 (en direcci&oacute;n contraria a la cadena    viral) (12) mostr&oacute; que la localizaci&oacute;n de estos concuerda con    lo informado para el TYLCV-Isr aislado en el pa&iacute;s previamente (13). Los    motivos localizados en la direcci&oacute;n de s&iacute;ntesis de la cadena viral    se mantuvieron conservados en todos los aislados analizados, sin embargo no    ocurri&oacute; lo mismo con el motivo detectado en la direcci&oacute;n contraria    a la cadena viral donde se observ&oacute; una sustituci&oacute;n del nucle&oacute;tido    <B>C</B> por una <B>T </B>en el aislado To 476. Un cambio en este iter&oacute;n,    puede influir en la secuencia de los amino&aacute;cidos <B>(aa)</B> conservados    de la prote&iacute;na <I>rep,</I> que act&uacute;an como sitio de acoplamiento    del ADN en el proceso de replicaci&oacute;n, tal como ha sido planteado para    este y otros iterones (1, 26). Por esta raz&oacute;n, los cambios de nucle&oacute;tidos    encontrados en algunas de las secuencias obtenidas para la RI sugirieron un    an&aacute;lisis m&aacute;s detallado de las secuencias obtenidas para los fragmentos    <I>rep </I>de estos nuevos aislados. </font>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">En la <a href="/img/revistas/rpv/v22n1/f0307107.gif">Tabla    2</a> se observan las sustituciones de nucle&oacute;tidos y sus residuos de    amino&aacute;cidos (<B><I>aa</I></B>), detectados al alinear las secuencias    de nucle&oacute;tidos y de prote&iacute;nas del extremo 5&#180; terminal del    gen <I>rep</I> del aislado cubano del TYLCV-Isr y el fragmento correspondiente    a este gen en nueve de los aislados estudiados. En cinco de los aislamientos    estudiados (To 1023, To 1353, To 165, To 765, To933) se encontraron sustituciones    de nucle&oacute;tidos. De forma general, se observaron 22 sustituciones de nucle&oacute;tidos    en las secuencias de estos aislados. De estas, s&oacute;lo una conllev&oacute;    a una sustituci&oacute;n de amino&aacute;cidos conservativa que se manifest&oacute;    en el aislado (To 933) y se localiz&oacute; en el motivo II (<B>HLHxUUQ</B>)    de esta prote&iacute;na, el cual es conservado para la mayor&iacute;a de los    geminivirus estudiados (19). Este cambio implic&oacute; la sustituci&oacute;n    del <I>aa</I> <B>Q </B>(residuo de glutamina) por el <B>P </B>(residuo de prolina).    Sin embargo, algunos autores plantean la importancia de la presencia en esa    posici&oacute;n de un <B><I>aa</I></B> hidrof&oacute;bico, tal como sucede en    este aislado, donde aparece la sustituci&oacute;n por prolina (18). En este    motivo se mantiene adem&aacute;s la presencia de dos histidinas que est&aacute;n    involucradas con los iones met&aacute;licos requeridos para el corte del ADN    por la prote&iacute;na iniciadora de la replicaci&oacute;n. </font>      
<P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">De las restantes    sustituciones nueve resultaron no conservativas, ya que estas no implicaron    cambios de gran importancia que puedan repercutir en la funci&oacute;n biol&oacute;gica    de este gen y 12 fueron sustituciones silentes que no conllevaron cambios en    la secuencia de amino&aacute;cidos. Las sustituciones ocurridas (conservativas    y no conservativas) en la secuencia 5' del gen <I>rep</I>, est&aacute;n presentes    en la misma posici&oacute;n de todos los aislamientos en que se observaron estas,    por lo que las mismas no pueden ser atribuidos a mutaciones puntuales ocurridas    en este fragmento durante la reacci&oacute;n de amplificaci&oacute;n y en la    lectura de la secuencia. </font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Los motivos I (<B>FLTYP)    </B>y III (<B>xxYxxK)</B> (10) est&aacute;n absolutamente conservados en todos    los aislados. Sin embargo, el aislado To476 mostr&oacute; un cambio en la secuencia    de <B>aa</B> de la zona estructural <B>M..X<SUB>4</SUB>,X<SUB>3</SUB>,X<SUB>2</SUB>,X<SUB>    1</SUB>,FX<SUB>1</SUB>L*X<SUB>3</SUB>AKNY FLTYPQC,</B> que constituye el mayor    elemento de reconocimiento del origen de replicaci&oacute;n (1). Esta divergencia    encontrada puede determinar cambios en la preferencia del ADN para iniciar la    replicaci&oacute;n en este aislamiento en particular. </font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><B>Predicci&oacute;n    de Estructuras Secundarias </B> </font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">El an&aacute;lisis    de predicci&oacute;n de la estructura secundaria &oacute;ptima de los primeros    200 nucle&oacute;tidos del extremo 5&#180; de la RI de los aislamientos (<a href="/img/revistas/rpv/v22n1/f0407107.gif">Fig.    2</a>) permiti&oacute; agruparlos en 3 estructuras &oacute;ptimas diferentes    (A, B y C). La estructura de la Fig. 2A correspondi&oacute; al aislado cubano    del TYLCV-Isr con una estabilidad termodin&aacute;mica de DG= -20.2 Kcal/mol    a 37<SUP>0</SUP>C. Con estructura similar estuvo el aislamiento To476, que a    pesar de presentar peque&ntilde;os cambios, los cuales provocaron una ligera    disminuci&oacute;n de su estabilidad termodin&aacute;mica (DG= -18.3 Kcal/mol),    es el &uacute;nico que posee una estructura similar al TYLCV-Isr caracterizado    anteriormente.</font>      
<P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Los aislados To1160    y To 64 mostraron una estructura (Fig. 2B) con valores DG de -16.7 y -18 Kcal/mol,    respectivamente, ligeramente similar a la obtenida para el aislado de TYLCV    de Rep&uacute;blica Dominicana, que mostr&oacute; DG=-20 Kcal/mol. Los resultados    obtenidos con el an&aacute;lisis de la estructura &oacute;ptima confirmaron    que las divergencias encontradas en las comparaciones filogen&eacute;ticas de    estos aislados repercuten en la estructura secundaria de la RI, con valores    de energ&iacute;a libre que indican la posibilidad de que sean aislados m&aacute;s    inestables en el campo. </font>      ]]></body>
<body><![CDATA[<P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">El resto de los    aislados mostr&oacute; una estructura &oacute;ptima con DG entre -15,4 y -19    Kcal/mol, la que se observa en la Figura 2C. La estructura obtenida para estos    aislados fue similar a la del TYLCV- Eg y TYLCV-IR (DG=-20.8 y -20.2 Kcal/mol).    Los aislamientos To1360, To1028, To1353, To260, To1023, To1118, To933 y To227    presentaron la misma estructura pero con cambios en los valores de energ&iacute;a    libre (DG = -15.4 Kcal/mol). Los aislados To765 y To600 tuvieron valores de    DG entre -17.2 y -17.7 Kcal/mol. La estructura predominante determinada est&aacute;    presente en aislados del a&ntilde;o 1995 y se contin&uacute;a manifestando en    la mayor&iacute;a de los aislados colectados hasta la fecha, lo que indica que    a pesar de presentar una estabilidad termodin&aacute;mica inferior a la obtenida    para el TYLCV-Isr aislado en Cuba y la de otros aislados del TYLCV; esta se    ha mantenido en el tiempo, lo que pudiera ser indicio de la adaptaci&oacute;n    de una nueva variante biol&oacute;gica al hospedante, que pudiera llegar a ser    tan importante como lo es el aislado cubano del TYLCV-Isr. </font>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">La estructura secundaria    &oacute;ptima determinada por este programa confirm&oacute; que la mayor&iacute;a    de los aislados colectados muestran la estructura de la Fig. 2 C. Esta estructura    posee un lazo grande, alrededor del cual se ubican varios tallos-lazos, donde    el mayor de estos contiene la secuencia non&aacute;mera conservada en todos    los geminivirus. La estructura obtenida para estos es diferente a la encontrada    para el TYLCV previamente identificado en Cuba (Fig. 2 A), en la cual el lazo    grande es muy reducido y presenta el tallo-lazo caracter&iacute;stico en la    misma posici&oacute;n, lo cual coincide con lo descrito para los geminivirus    (20). </font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">En los an&aacute;lisis    realizados se pudo determinar que cambios por encima de un 20% de la energ&iacute;a    libre con respecto al aislado cubano del TYLCV-Isr, provocaron alteraciones    en la estructura secundaria &oacute;ptima. Resultados similares han sido descritos    por otros autores que s&oacute;lo despu&eacute;s de un 10% de diferencia en    la DG, han observado variaciones en la estructura secundaria (7,8). Por su parte,    Navas-Castillo <I>et al.</I> (16), al caracterizar los aislados de TYLCV de    Espa&ntilde;a y Portugal determinaron una DG=-16.1 Kcal/mol al compararlos con    el aislado leve del TYLCV-Isr, y observaron un aumento de la energ&iacute;a    libre (DG =-6.8 Kcal/mol) y por tanto una disminuci&oacute;n de la estabilidad    interna del aislado. Estos resultados pudieran estar relacionados con una posible    implicaci&oacute;n de estas mutaciones en el incompleto apareamiento de bases    en esta zona, considerada fundamental para la replicaci&oacute;n viral, lo cual    hace pensar que la ligera severidad detectada para este aislado podr&iacute;a    deberse a la presencia de una estructura de tallo-lazo alterada. Los resultados    obtenidos muestran la presencia de tres estructuras diferentes en los aislados    caracterizados, lo cual pudiera estar relacionado con la gran explosi&oacute;n    que ha tenido la problem&aacute;tica de los begomovirus, fundamentalmente del    TYLCV en Cuba, en los &uacute;ltimos a&ntilde;os. Los mismos sientan las bases    para profundizar en el mecanismo de interacci&oacute;n entre la replicasa viral    y estas estructuras. </font>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Por otra parte,    estos resultados evidencian la presencia de una &uacute;nica poblaci&oacute;n    circulante del TYLCV en las principales &aacute;reas de producci&oacute;n de    tomate en el pa&iacute;s. La raz&oacute;n de la presencia de una &uacute;nica    poblaci&oacute;n viral mantenida en el tiempo de estudio y en todas las &aacute;reas    de producci&oacute;n del pa&iacute;s, podr&iacute;a ser explicada por el uso    en la actualidad de variedades e h&iacute;bridos parcialmente resistentes, las    cuales podr&iacute;an crear una presi&oacute;n de selecci&oacute;n hacia los    aislados m&aacute;s agresivos del virus. </font>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">El presente trabajo    constituye el primer estudio de variabilidad de las poblaciones naturales del    TYLCV-Isr en Cuba y para la regi&oacute;n de Am&eacute;rica Latina y el Caribe.    Aporta adem&aacute;s elementos cognoscitivos en el estudio de esta entidad viral    y sienta las bases para futuros estudios de interacci&oacute;n hospedante-pat&oacute;geno.    As&iacute; mismo, la escasa variabilidad del TYLCV-Isr encontrada hasta la fecha    podr&iacute;a beneficiar enormemente la estrategia a seguir en los programas    de mejoramiento gen&eacute;tico para resistencia a la enfermedad causada por    el TYLCV en la obtenci&oacute;n de nuevas variedades e h&iacute;bridos por m&eacute;todos    tradicionales y alternativas de ingenier&iacute;a gen&eacute;tica con secuencias    derivadas del pat&oacute;geno.</font>     <P>     <P>     <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><B><font size="3">AGRADECIMIENTOS</font></B>    </font>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">Los autores agradecen    al Ministerio de Asuntos Exteriores de Italia por la concesi&oacute;n de la    beca en la cual se realiz&oacute; parte de este trabajo y al Dr. Gian Paolo    Accotto (Instituto de Fitovirolog&iacute;a Aplicada, Tur&iacute;n, Italia) en    la direcci&oacute;n y apoyo para ejecutar el trabajo de secuenciaci&oacute;n    de genes.</font>      <P>     ]]></body>
<body><![CDATA[<P>      <P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="3"><b>REFERENCIAS</b></font>      <!-- ref --><P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">1. Arg&uuml;ello-Astorga    GR, Ruiz-Medrano R.  An interon- related domain is associated to    motif 1 in the replication proteins of geminivirus: identification of potential    interacting amino acid-base pairs by a comparative approach. Arch Virol.    2001;(146):1465-1485. </font>      <!-- ref --><P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">2. Czosnek H, Laterrot H.  A worldwide survey of tomato yellow leaf curl viruses.      Arch Virol. 1997;(142):1391-1406. </font>     <!-- ref --><P><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">3. Dopazo J.     A new index to find regions showing an unexpected variability or conservation    in sequence alignments. 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