Abstract

MUNOZ ESCUDERO, Daniel; GUTIERREZ SANCHEZ, Pablo Andrés  and  MARIN MONTOYA, Mauricio. Detección y caracterización molecular del Potato virus Y (PVY) en cultivos de papa (Solanum tuberosum L.) del norte de Antioquia, Colombia. Rev. Protección Veg. [online]. 2016, vol.31, n.1, pp. 9-19. ISSN 2224-4697.

El objetivo de este trabajo fue evaluar las técnicas de detección del Potato virus Y (PVY):TAS-ELISA e Inmunocaptura-RT-PCR en tiempo real (IC-RT-qPCR), en tejidos foliares de papa (Solanum tuberosum L.) cv. Diacol-Capiro procedentes de tres lotes del Norte de Antioquia, Colombia. Adicionalmente, se secuenció el genoma de este virus mediante secuenciación masiva de nueva generación (NGS). Se detectó el PVY con ambas técnicas en los tres lotes, aunque estas difirieron significativamente en su sensibilidad; con IC-RT-qPCR se encontró el virus en el 88,8% de las muestras, mientras que con TAS-ELISA en el 33,3%. La naturaleza de los amplicones se confirmó por secuenciación Sanger (identidad=98-100%) y comparación con los valores de temperaturas de fusión (Tm) del control positivo (77,5°C±1°C). Los análisis bioinformáticos permitieron caracterizar el genoma completo de la cepa PVY_Yarumal, con una profundidad de 716x y un tamaño de 9701nt. Presenta un marco de lectura abierto (ORF) que codifica para una poliproteína de 3061 aminoácidos, flanqueada por regiones no traducidas (UTR) 5' y 3' de 187 y 328nt, respectivamente. Los análisis filogenéticos, tanto de la poliproteína completa como de la secuencia de la cápside, indican su identidad con genotipos de la raza necrosante PVY^NTN; se identificaron, además, los motivos K₄₀₀E₄₁₉ y QELA asociados a dicho linaje. Estos resultados plantean la necesidad de incorporar en los programas de manejo de enfermedades virales, en la agroindustria de papa en Colombia, el empleo de técnicas de detección altamente sensibles como las basadas en RT-PCR en tiempo real.

Keywords : ELISA; NGS; Potyvirus; RT-qPCR; Solanaceae.

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