Abstract

MARTINEZ ORTIZ, Carlos M.; SAUTIE CASTELLANOS, Miguel; CUZA FERRER, Yordanka  and  WISDOM VINA, Yinette. Herramienta web para la clasificación de microsatélites polimórficos en genomas bacterianos. RCIM [online]. 2013, vol.5, n.1, pp. 20-29. ISSN 1684-1859.

Las secuencias repetidas en tándem, específicamente los mini y micro satélites, han demostrado ser muy eficaces en la clasificación de bacterias patogénicas como B. anthracis, M. tuberculosis y P. aeruginosa, entre otras. En humanos es manifiesta su participación estando relacionados con más de ochenta enfermedades, gran parte de ellas de tipo neurodegenerativas, musculares y algunos tipos de cáncer. La herramienta web que presentamos es el resultado de la detección computacional de estas secuencias en genomas bacterianos completos y su correspondiente anotación en la estructura genómica de acuerdo a las diferentes regiones donde estos se localizan. La herramienta tiene como fin primario brindar un sistema relacional que permita al investigador ubicar los microsatélites de diferentes especies bacterianas, con más de un genoma secuenciado para inferir su posible carácter polimórfico, dentro del contexto de la estructura genómica y así proveer un primer acercamiento al rol putativo que los microsatélites desempeñan desde el punto de vista funcional. La herramienta se puede aplicar no solo en estudios taxonómicos y epidemiológicos sino en la detección de posibles relaciones de estas secuencias con las funciones moleculares, procesos biológicos y, en última instancia, las diversas formas de evolución de estas especies. El sitio web brinda el servicio de consultas a la base de datos de microsatélites bacterianos de acuerdo al sistema de tablas relacionales y atributos propios de las mismas. Cuenta además con los servicios típicos de un sitio con estas características como: sistema de autenticación, foro, encuestas, enlaces y documentación sobre la metodología empleada y del tema en cuestión.

Keywords : microsatélites; repetidos en tándem; bacterias; sistema de base de datos.

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