Abstract

JIMENEZ GARI, Jorge Alejandro et al. Análisis preliminar de la potencialidad de las diferentes subregiones genómicas de SARS-Cov-2 para su uso como marcadores filogenéticos. Rev cuba cienc informat [online]. 2021, vol.15, n.4, suppl.1, pp. 101-119.  Epub Dec 01, 2021. ISSN 2227-1899.

El uso de herramientas filogenéticas pudiera ser clave en la toma de decisiones en el manejo de las epidemias. La reconstrucción filogenética requiere de marcadores apropiados, que contengan la información necesaria y permitan reconstruir la historia evolutiva del patógeno. Para el estudio el SARS-Cov-2 a nivel internacional se han secuenciado múltiples genomas completos del virus partiendo de aislados de varios países. Esta información, disponible en bases de datos internacionales, ha facilitado la realización de estudios filogenómicos. En el caso de Cuba, las capacidades tecnológicas no permiten secuenciar genomas completos, lo que obliga a evaluar las diferentes regiones genómicas del SARS-Cov-2 para su potencial uso como fuentes de información. En este trabajo se describe un análisis, realizado a inicios de la pandemia, de las regiones genómicas del SARS-Cov-2, para evaluar su posible uso como marcadores filogenéticos. Para ello se emplearon secuencias y herramientas públicas, teniendo en cuenta su variabilidad, tendencia a la saturación y presencia de ruido, además de evaluar su capacidad para reconstruir las mismas relaciones filogenéticas que las obtenidas con el análisis de todo el genoma. Debido a la relativamente baja tasa evolutiva del virus, y al poco tiempo transcurrido desde el comienzo de la transmisión del SARS-Cov-2 en humanos en el momento del estudio, se observa que la variabilidad en las regiones genómicas individuales no aporta el mismo nivel de información, que el genoma completo, y que la longitud del segmento seleccionado y el muestreo taxonómico son determinantes en la capacidad resolutiva de los métodos filogenéticos empleados.

Keywords : SARS-Cov-2; filogenética; señal filogenética; marcador filogenético; saturación..

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