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Introducción
La prueba de reacción en cadena de ácido desoxirribonucleico (ADN) polimerasa fue el primer método disponible para amplificar secuencias de ácidos nucleicos a finales de la década de los 80; sin embargo, su aplicación en el diagnóstico de la tuberculosis (TB) había sido muy limitada, debido principalmente a la complejidad en la extracción, amplificación y detección del ADN de micobacterias y a los riesgos de seguridad biológica inherentes a su uso.1)
Entre las numerosas pruebas disponibles de amplificación de ácidos nucleicos para el diagnóstico de tuberculosis, la GeneXpert Mycobacterium tuberculosis/rifampicina (MTB/RIF) es una de las más ampliamente evaluadas, pues constituye un método molecular automatizado que integra la extracción de ADN, la amplificación genómica por reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real, la detección semicuantitativa y la detección de la resistencia a la rifampicina debido a mutaciones en el gen rpoB, con lo cual el diagnóstico de tuberculosis y de resistencia a este medicamento se obtienen en 2 horas.2
De esta manera, en diciembre de 2010, la Organización Mundial de la Salud (OMS) certificó la prueba GeneXpert MTB/RIF para evaluar muestras pulmonares, especialmente en entornos con altas tasas de tuberculosis asociada al virus de inmunodeficiencia humana (VIH) y de tuberculosis multirresistente.3,4
La tuberculosis es una afección infectocontagiosa aguda, subaguda o crónica que puede dañar distintos órganos, principalmente a los pulmones, con determinantes sociales y económicas bien definidas, causadas por el Mycobacterium tuberculosis;5 asimismo, es una de las 10 primeras causas de muerte en todo el mundo y la primera por un solo agente infeccioso.6
La OMS declaró la tuberculosis como una emergencia mundial, ya que su incidencia y prevalencia altas se acompañan de tasas elevadas de mortalidad, pues se considera que un tercio de la población del mundo ha sido infectada por MTB en algún momento; igualmente, cada año se informan entre 8-10 millones de casos nuevos y entre 2-3 millones de defunciones. África y Asia son los continentes con mayor número de afectados, seguidos por América Latina.7
De acuerdo con los datos del Programa Conjunto de Naciones Unidas sobre el VIH (ONUSIDA), en 2017 unos 10 millones de personas en todo el orbe presentaron TB;8 mientras que en Latinoamérica la OMS estimó para este mismo año 282 000 casos nuevos y recaídas por esta enfermedad, lo que representa 3 % de la carga mundial.9
Por su parte, en 2018 se registraron en Cuba 651 casos, de ellos 491 correspondieron al sexo masculino y 160 al femenino, con tasas de 8,8 y 2,8 por 100 000 habitantes, respectivamente. En ese mismo año, en la provincia de Santiago de Cuba, se notificaron 40 casos nuevos, para una tasa de 2 por 100 000 habitantes, por lo que se ubicó en el cuarto lugar por provincias, superada por La Habana, Granma y Ciego de Ávila. (10
Teniendo en cuenta los aspectos epidemiológicos de la TB, la importancia de obtener un diagnóstico rápido para un tratamiento oportuno, así como la ausencia de investigaciones en la provincia donde se haya empleado el método GeneXpert MTB/RIF, los autores realizaron el presente estudio con vistas a determinar la precisión de este para el diagnóstico de la tuberculosis en relación con los métodos tradicionales.
Métodos
Se efectuó un estudio descriptivo y transversal de 31 pacientes atendidos en el Hospital General Docente Dr. Juan Bruno Zayas Alfonso de Santiago de Cuba, desde diciembre de 2018 hasta igual mes de 2019, a quienes se les realizaron los 3 métodos para el diagnóstico de la tuberculosis (se hizo alusión a los 11 casos positivos), con vistas a determinar la precisión del GeneXpert en relación con los estudios tradicionales.
La información se obtuvo de la base de datos sobre GeneXpert MTB/RIF y tuberculosis del Centro Provincial de Microbiología, de donde se extrajo la información necesaria, previa aprobación del consejo científico. Para su procesamiento se usó el sistema Microsoft Office Excel.
Se utilizaron variables de interés tales como edad, sexo, muestras estudiadas, positividad de los métodos utilizados, concordancia entre el GeneXpert MTB/RIF y el cultivo Löwestein Jensen, así como sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo y valor predictivo negativo del GeneXpert MTB/RIF y el cultivo. Se determinó la concordancia entre el GeneXpert MTB/RIF y el cultivo mediante la siguiente fórmula:
Kappa (K)= (Po-Pe)/(1-Pe), donde:
Po: proporción de concordancia observada
Pe: proporción de concordancia esperada por azar
1-Pe: acuerdo o concordancia máxima posible no debida al azar
Resultados
En la casuística (tabla 1) predominaron el grupo etario de más de 50 años (48,4 %) y el sexo masculino en ese mismo grupo (12, para 80,0 %). En general, 22 de los 31 pacientes eran de este mismo sexo (66,7 %).
La mayoría de las muestras analizadas correspondieron al esputo (25, para 80,6 %), seguido por el líquido pleural (4, para 13,0 %) y por el líquido ascítico (2, para 6,4 %).
Del total de cultivos (tabla 2), 10 resultaron positivos (32,3 %), lo cual descendió en la tinción Ziehl-Neelsen y el GeneXpert MTB/RIF con 7 para ambos (22,6 %); en oposición a lo anterior, la negatividad se incrementó de 67,7 % para el cultivo a 77,4 % para la tinción Ziehl-Neelsen y el GeneXpert MTB/RIF, respectivamente. Es importante señalar que en un mismo paciente se pudo obtener más de una técnica positiva o negativa y que el método de cultivo empleado fue el de Löwestein Jensen.
Asimismo, se diagnosticaron 11 pacientes con tuberculosis (tabla 3), de ellos 10 resultaron positivos por cultivo y uno por GeneXpert MTB/RIF con cultivo negativo, por lo que se obtuvo una concordancia observada global entre GeneXpert MTB/RIF y el cultivo de 0,83, así como una concordancia esperada por azar de 0,59, con un índice Kappa de 0,58.
Tabla 3 Casos positivos de tuberculosis según la concordancia entre el GeneXpert y el cultivo
Po = (6+20)/31= 0,83, Pe= (7x10 + 24x21)/312 = 0,59, K = (P0- Pe)/(1-Pe) = 0,58
Al comparar el GeneXpert MTB/RIF y el cultivo se observó que ambos mostraron una sensibilidad de 60, 0 y 90,9 %, una especificidad de 95,2 y 100%, un valor predictivo positivo de 85,7 y 100 % y un valor predictivo negativo de 83,3 y 95,0 %, para el primero y el segundo, respectivamente.
Discusión
Los resultados en cuanto a la edad y el sexo en esta casuística se correspondieron con los de Peñata et al,3 donde primaron los pacientes de 56 años y más (25,5 %) y el sexo masculino (60,5 %), así como también con los informados en series similares como la de Barriga et al.1)
En relación con las muestras analizadas, los autores citados previamente1,3 refieren que la mayoría de estas correspondieron al líquido cefalorraquídeo, por lo que no concuerdan con los hallazgos de esta investigación. De manera análoga, Borraz et al11 destacan un número importante de muestras respiratorias (62,5 % de estas por esputo), aunque su universo fue mayor que el de este trabajo.
De acuerdo con las técnicas diagnósticas empleadas, los resultados difieren de los descritos en la bibliografía consultada,11 donde el cultivo y el GeneXpert tienen igual positividad (78,3 %) y negatividad (21,7 %); mientras que otros autores1) señalan mayor positividad del cultivo (12,5 %), aunque con un método diferente (Mycobacteria Growth Indicator Tube System) al empleado en esta investigación. También afirman que el GeneXpert presenta mayor positividad (10,9 %) que el método de cultivo Löwestein Jensen (9,8 %). De igual manera, otros hacen referencia a un porcentaje superior del GeneXpert MTB/RIF.3
De acuerdo con los casos positivos de tuberculosis y la concordancia entre el GeneXpert MTB/RIF y el cultivo, en la casuística estudiada se encontró que el índice de Kappa tuvo una concordancia moderada según la clasificación de Landis y Koch.12,13 Contrariamente, en un artículo publicado14 se revela que dicho índice resultó ser de 0,96, con una concordancia casi perfecta, con 25 muestras positivas para MTB, aunque estos autores solo estudiaron tipos extrapulmonares.
Por su parte, autores ya citados3 no encontraron la misma concordancia según su índice de Kappa (0,81), entre el GeneXpert y el cultivo, en relación con los resultados aquí obtenidos; asimismo, Mederos et al15 hallaron una concordancia por encima de 90 % entre el GeneXpert, el cultivo y la baciloscopia mediante la tinción de Ziehl-Neelsen, aunque cabe destacar que el universo de estudio fue mayor a este, con 152 muestras analizadas y solo de origen pulmonar (de pacientes sintomáticos), lo que puede llevar a que los estudios diagnósticos empleados tengan mayor posibilidad de ser positivos y, por ende, que la concordancia entre ellos sea mayor.
Borraz et al11 puntualizan en su artículo que con respecto al cultivo, la sensibilidad, la especificidad, el valor predictivo positivo y el predictivo negativo fue de 100 % y en el GeneXpert la sensibilidad y el valor predictivo negativo resultó menor que el de este trabajo (10 y 25 %, respectivamente).
Igualmente Barriga et al1 corroboraron menor sensibilidad del cultivo (67,34 %), pero sí hubo coincidencia con la especificidad, el valor predictivo positivo y el predictivo negativo. En cuanto al GeneXpert los resultados no fueron los mismos.
Finalmente, en este estudio se revela la precisión del GeneXpert MTB/RIF en el diagnóstico de la tuberculosis, dada su sensibilidad y especificidad altas en relación con los estudios tradicionales de esputo y cultivo, lo cual se confirmó por la elevada concordancia del índice de Kappa.
